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- PDB-1br3: CRYSTAL STRUCTURE OF AN 82-NUCLEOTIDE RNA-DNA COMPLEX FORMED BY T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1br3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN 82-NUCLEOTIDE RNA-DNA COMPLEX FORMED BY THE 10-23 DNA ENZYME
要素
  • DNA (10-23 DNA ENZYME)
  • RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*AP*GP*AP*UP*GP*GP*GP*AP*G)-3')
キーワードDNA-RNA HYBRID / DNA ENZYME / RIBOZYME / HOLLIDAY JUNCTION / DNA/RNA HYBRID / DNA-RNA HYBRID complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Nowakowski, J. / Shim, P.J. / Prasad, G.S. / Stout, C.D. / Joyce, G.F.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of an 82-nucleotide RNA-DNA complex formed by the 10-23 DNA enzyme.
著者: Nowakowski, J. / Shim, P.J. / Prasad, G.S. / Stout, C.D. / Joyce, G.F.
履歴
登録1998年8月13日処理サイト: NDB
改定 1.01999年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.text

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*AP*GP*AP*UP*GP*GP*GP*AP*G)-3')
B: DNA (10-23 DNA ENZYME)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8112
ポリマ－12,8112
非ポリマー00
水00
1
A: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*AP*GP*AP*UP*GP*GP*GP*AP*G)-3')
B: DNA (10-23 DNA ENZYME)

A: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*AP*GP*AP*UP*GP*GP*GP*AP*G)-3')
B: DNA (10-23 DNA ENZYME)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6224
ポリマ－25,6224
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.450, 63.450, 216.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6122

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*AP*GP*AP*UP*GP*GP*GP*AP*G)-3')


分子量: 4299.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA SUBSTRATE
#2: DNA鎖 DNA (10-23 DNA ENZYME)


分子量: 8511.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.23 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 24.5 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.4 mMprotein1drop
250 mMsodium cacodylate1reservoir
330 mM1reservoirMgCl2
41 mMspermine1reservoir
50.9 M1reservoirLi2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 5739 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 4.3 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 30 Å / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
ソフトウェアAT SYNCHROTRONデータ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 573 10 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 5739 98.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 850 0 0 850
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.14 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.54 84 10 %
Rwork0.48 588 -
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: DNA-RNA-MULTI-END.PARAM / Topol file: TOP_NDBX3.DNA
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.3
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.54 / Rfactor Rwork: 0.48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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