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- PDB-1bqx: ARTIFICIAL FE8S8 FERREDOXIN: THE D13C VARIANT OF BACILLUS SCHLEGE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bqx
タイトルARTIFICIAL FE8S8 FERREDOXIN: THE D13C VARIANT OF BACILLUS SCHLEGELII FE7S8 FERREDOXIN
要素PROTEIN (FERREDOXIN)
キーワードELECTRON TRANSPORT / IRON-SULFUR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
7Fe ferredoxin / : / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S binding domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Ferredoxin 7Fe
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus schlegelii (バクテリア)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Aono, S. / Bentrop, D. / Bertini, I. / Cosenza, G. / Luchinat, C.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Solution structure of an artificial Fe8S8 ferredoxin: the D13C variant of Bacillus schlegelii Fe7S8 ferredoxin.
著者: Aono, S. / Bentrop, D. / Bertini, I. / Cosenza, G. / Luchinat, C.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1997
タイトル: The D13C Variant of Bacillus Schlegelii 7Fe Ferredoxin is an 8Fe Ferredoxin as Revealed by 1H-NMR Spectroscopy
著者: Aono, S. / Bentrop, D. / Bertini, I. / Luchinat, C. / Macinai, R.
履歴
登録1998年8月20日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年2月6日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_assembly ...atom_site / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 2.12021年11月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (FERREDOXIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4423
ポリマ－8,7391
非ポリマー7032
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 500LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (FERREDOXIN)


分子量: 8738.883 Da / 分子数: 1 / 変異: D13C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus schlegelii (バクテリア)
プラスミド: PKKFD D13C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM 109 / 参照: UniProt: Q45560
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131TOCSY
1411D-NOE
NMR実験の詳細Text: MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 1H NMR SPECTROSCOPY. EXPERIMENTAL DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.

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試料調製

試料状態イオン強度: 20 mM / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE500BrukerAVANCE5005001
Bruker AVANCE600BrukerAVANCE6006002
Bruker AVANCE800BrukerAVANCE8008003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber4.1PEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN精密化
DYANA構造決定
Amber構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE CALCULATIONS WERE CARRIED OUT WITH THE TORSION ANGLE DYNAMICS PROGRAM DYANA (BY GUENTERT,MUMENTHALER,WUETHRICH). THE 20 STRUCTURES OF THE DYANA FAMILY WITH THE LOWEST TARGET ...詳細: THE STRUCTURE CALCULATIONS WERE CARRIED OUT WITH THE TORSION ANGLE DYNAMICS PROGRAM DYANA (BY GUENTERT,MUMENTHALER,WUETHRICH). THE 20 STRUCTURES OF THE DYANA FAMILY WITH THE LOWEST TARGET FUNCTION VALUES WERE REFINED BY RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION(REM) AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS (RMD) IN VACUO. THE STRUCTURE IN THIS ENTRY REPRESENTS THE MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE OF THE RMD FAMILY. REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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