PDB-1bqf: GROWTH-BLOCKING PEPTIDE (GBP) FROM PSEUDALETIA SEPARATA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1bqf

タイトル

GROWTH-BLOCKING PEPTIDE (GBP) FROM PSEUDALETIA SEPARATA

要素

PROTEIN (GROWTH-BLOCKING PEPTIDE)

キーワード

HORMONE/GROWTH FACTOR / GROWTH FACTOR / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX

機能・相同性

Paralytic/GBP/PSP peptide / Paralytic/GBP/PSP peptide / hemocyte migration / regulation of synaptic transmission, dopaminergic / positive regulation of cell division / cytokine activity / growth factor activity / extracellular space / Growth-blocking peptide, long form

機能・相同性情報

生物種

Apanteles kariyai (昆虫)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Aizawa, T. / Fujitani, N. / Hayakawa, Y. / Ohnishi, A. / Ohkubo, T. / Kwano, K. / Hikichi, K. / Nitta, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Solution structure of an insect growth factor, growth-blocking peptide.
著者: Aizawa, T. / Fujitani, N. / Hayakawa, Y. / Ohnishi, A. / Ohkubo, T. / Kumaki, Y. / Kawano, K. / Hikichi, K. / Nitta, K.

履歴

登録	1998年8月9日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1998年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1bqf.cif.gz	110.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1bqf.ent.gz	76.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1bqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1bqf_validation.pdf.gz	342.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1bqf_full_validation.pdf.gz	436.1 KB	表示
XML形式データ	1bqf_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	1bqf_validation.cif.gz	12.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/1bqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/1bqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1fsb-d 1s4g-d 2hm4-d 1hzs-1 2mpj-d 2y6n-2 3e7u-d 2w9u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN (GROWTH-BLOCKING PEPTIDE)

2.79 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	16 / 100	LEAST RESTRAINT VIOLATION AND LOWEST TOTAL ENERGY
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	PROTEIN (GROWTH-BLOCKING PEPTIDE) 分子量: 2788.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / 由来: (天然) Apanteles kariyai (昆虫) / 器官: BRAIN / 組織: FAT BODY / Tissue fraction: HEMOLYMPH / 参照: UniProt: Q27913

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	COSY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	NOESY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TWO DIMENSIONAL 1H NMR SPECTROSCOPY.

-
試料調製

試料状態	pH: 4.4 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: JEOL JNM ALPHA 500 / 製造業者: JEOL / モデル: JNM ALPHA 500 / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR		構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: DISTANCE GEOMETRY AND SIMULATED ANNEALING (DGSA PROTOCOL IN X-PLOR 3.1 MANUAL, AXEL T. BRUNGER)

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION AND LOWEST TOTAL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 16

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)