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万見
- PDB-1bou: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF LIGAB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bou
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF LIGAB
要素
  • 4,5-DIOXYGENASE ALPHA CHAIN
  • 4,5-DIOXYGENASE BETA CHAIN
キーワードDIOXYGENASE / EXTRADIOL TYPE DIOXYGENASE / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protocatechuate 4,5-dioxygenase / protocatechuate 4,5-dioxygenase activity / catabolic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
Protocatechuate 4,5-dioxygenase, alpha subunit / Protocatechuate 4,5-dioxygenase beta chain / Protocatechuate 4,5-dioxygenase; Chain A / Dioxygenase LigAB, LigA subunit / Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit / Aromatic-ring-opening dioxygenase LigAB, LigA subunit / Protocatechuate 4,5-dioxygenase; Chain B / LigB-like / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class III enzyme, subunit B / Catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase ...Protocatechuate 4,5-dioxygenase, alpha subunit / Protocatechuate 4,5-dioxygenase beta chain / Protocatechuate 4,5-dioxygenase; Chain A / Dioxygenase LigAB, LigA subunit / Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit / Aromatic-ring-opening dioxygenase LigAB, LigA subunit / Protocatechuate 4,5-dioxygenase; Chain B / LigB-like / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class III enzyme, subunit B / Catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase / Dioxygenase LigAB, LigA subunit superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protocatechuate 4,5-dioxygenase alpha chain / Protocatechuate 4,5-dioxygenase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sugimoto, K. / Senda, T. / Fukuda, M. / Mitsui, Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of an aromatic ring opening dioxygenase LigAB, a protocatechuate 4,5-dioxygenase, under aerobic conditions.
著者: Sugimoto, K. / Senda, T. / Aoshima, H. / Masai, E. / Fukuda, M. / Mitsui, Y.
履歴
登録1998年8月6日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4,5-DIOXYGENASE ALPHA CHAIN
B: 4,5-DIOXYGENASE BETA CHAIN
C: 4,5-DIOXYGENASE ALPHA CHAIN
D: 4,5-DIOXYGENASE BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,8936
ポリマ－97,7814
非ポリマー1122
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12770 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area30060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.400, 66.500, 119.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.481, -0.853, -0.203), (-0.854, 0.404, 0.329), (-0.199, 0.332, -0.922)
ベクター: 124.614, 64.942, 45.412)

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要素

#1: タンパク質 4,5-DIOXYGENASE ALPHA CHAIN / LIGA


分子量: 15567.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
株: SYK6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22635, protocatechuate 4,5-dioxygenase
#2: タンパク質 4,5-DIOXYGENASE BETA CHAIN / LIGB


分子量: 33322.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
株: SYK6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22636, protocatechuate 4,5-dioxygenase
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sugimoto, K., (1999) Protein Peptide Lett., 6, 55.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
137.0 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris-HCl1drop
350 %satammonium sulfate1reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月9日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→60 Å / Num. obs: 43335 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 58
反射
*PLUS
Num. measured all: 80490

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
PROCESSデータ削減
PROCESSデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→60 Å / Rfactor Rfree error: 0.0031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 4363 10 %RANDOM
Rwork0.149 ---
obs0.149 43335 86.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6686 0 2 200 6888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 409 10 %
Rwork0.208 3694 -
obs--81.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 43259 / Rfactor obs: 0.16 / Rfactor Rfree: 0.216
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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