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万見
- PDB-1bmp: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN-7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bmp
タイトルBONE MORPHOGENETIC PROTEIN-7
要素BONE MORPHOGENETIC PROTEIN-7
キーワードTRANSFORMING GROWTH FACTOR / MORPHOGEN / CYTOKINE / BONE / CARTILAGE / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of prostatic bud formation / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in nephron morphogenesis / negative regulation of glomerular mesangial cell proliferation / mesenchymal cell apoptotic process involved in nephron morphogenesis / positive regulation of cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / positive regulation of hyaluranon cable assembly / chorio-allantoic fusion / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process ...negative regulation of prostatic bud formation / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in nephron morphogenesis / negative regulation of glomerular mesangial cell proliferation / mesenchymal cell apoptotic process involved in nephron morphogenesis / positive regulation of cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / positive regulation of hyaluranon cable assembly / chorio-allantoic fusion / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / embryonic skeletal joint morphogenesis / neural fold elevation formation / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / mesenchyme development / ameloblast differentiation / positive regulation of epithelial cell differentiation / embryonic camera-type eye morphogenesis / monocyte aggregation / allantois development / mesonephros development / regulation of removal of superoxide radicals / hindbrain development / mesenchymal cell differentiation / pericardium morphogenesis / BMP receptor binding / endocardial cushion formation / pharyngeal system development / heart trabecula morphogenesis / cellular response to BMP stimulus / branching involved in salivary gland morphogenesis / embryonic pattern specification / metanephros development / response to vitamin D / negative regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / embryonic limb morphogenesis / cardiac muscle tissue development / cartilage development / positive regulation of dendrite development / ureteric bud development / Molecules associated with elastic fibres / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / branching morphogenesis of an epithelial tube / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / dendrite development / odontogenesis of dentin-containing tooth / mesoderm formation / negative regulation of cell cycle / positive regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of neuron differentiation / epithelial to mesenchymal transition / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of neuron differentiation / axon guidance / neuron projection morphogenesis / protein serine/threonine kinase activator activity / cytokine activity / skeletal system development / growth factor activity / negative regulation of neurogenesis / response to peptide hormone / osteoblast differentiation / response to estradiol / heparin binding / : / cellular response to hypoxia / vesicle / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone morphogenetic protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Griffith, D.L. / Scott, D.L.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Three-dimensional structure of recombinant human osteogenic protein 1: structural paradigm for the transforming growth factor beta superfamily.
著者: Griffith, D.L. / Keck, P.C. / Sampath, T.K. / Rueger, D.C. / Carlson, W.D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Data of Recombinant Human Osteogenic Protein-1 (Hop-1)
著者: Griffith, D.L. / Oppermann, H. / Rueger, D.C. / Sampath, T.K. / Tucker, R.F. / Carlson, W.D.
履歴
登録1995年12月14日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7001
ポリマ－15,7001
非ポリマー00
水00
1
A: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN-7

A: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3992
ポリマ－31,3992
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area11690 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)99.460, 99.460, 42.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 BONE MORPHOGENETIC PROTEIN-7 / OSTEOGENIC PROTEIN-1 / HOP-1 / BMP-7


分子量: 15699.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: REFERENCE, T.K. SAMPATH, ET AL. (1992) J. BIOL. CHEM. 267, 20452-20362
遺伝子: HOP-1 CDNA / 器官: OVARY / 遺伝子 (発現宿主): HOP-1 CDNA
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P18075
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 62 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
24 %satammonium sulfate1drop
325 mMsodium acetate1drop
48 %satammonium sulfate1reservoir
550 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年11月30日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 5502 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
R-AXISSOFTWAREデータ収集
R-AXISSOFTWAREデータ削減
X-PLORモデル構築
PROFFT精密化
X-PLOR精密化
R-AXISデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.8→10 Å / σ(F): 2
詳細: LOOP REGION (RESIDUES 118 - 122) IS DISORDERED AND MODELED STEREOCHEMICALLY. NOTE THAT RESIDUE 59 IS DESCRIBED AS TRANS IN THE PAPER CITED ON JRNL RECORDS ABOVE BUT THE CURRENT MODEL ...詳細: LOOP REGION (RESIDUES 118 - 122) IS DISORDERED AND MODELED STEREOCHEMICALLY. NOTE THAT RESIDUE 59 IS DESCRIBED AS TRANS IN THE PAPER CITED ON JRNL RECORDS ABOVE BUT THE CURRENT MODEL PRESENTED IN THIS ENTRY HAS RESIDUE 59 AS CIS.
Rfactor反射数
Rfree0.308 -
Rwork0.227 -
obs-5418
原子変位パラメータBiso mean: 28.48 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数828 0 0 0 828
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0080.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0250.05
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.1380.1
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0450.1
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2111
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1851
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.251
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1941
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor23.230
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor25.950
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor35.150
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.227
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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