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万見
- PDB-1bm3: IMMUNOGLOBULIN OPG2 FAB-PEPTIDE COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bm3
タイトルIMMUNOGLOBULIN OPG2 FAB-PEPTIDE COMPLEX
要素
  • IMMUNOGLOBULIN OPG2 FAB, CONSTANT DOMAIN
  • IMMUNOGLOBULIN OPG2 FAB, VARIABLE DOMAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway ...phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / positive regulation of phagocytosis / antigen binding / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig gamma-1 chain C region secreted form
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kodandapani, R. / Veerapandian, L. / Ni, C.Z. / Chiou, C.-K. / Whital, R. / Kunicki, T.J. / Ely, K.R.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1998
タイトル: Conformational change in an anti-integrin antibody: structure of OPG2 Fab bound to a beta 3 peptide.
著者: Kodandapani, R. / Veerapandian, L. / Ni, C.Z. / Chiou, C.K. / Whittal, R.M. / Kunicki, T.J. / Ely, K.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the OPG2 Fab. An antireceptor antibody that mimics an RGD cell adhesion site.
著者: Kodandapani, R. / Veerapandian, B. / Kunicki, T.J. / Ely, K.R.
履歴
登録1999年4月15日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IMMUNOGLOBULIN OPG2 FAB, CONSTANT DOMAIN
H: IMMUNOGLOBULIN OPG2 FAB, VARIABLE DOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0582
ポリマ－48,0582
非ポリマー00
水5,639313
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.110, 90.050, 79.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.30, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MA121

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN OPG2 FAB, CONSTANT DOMAIN


分子量: 23549.811 Da / 分子数: 1 / 断片: CONSTANT DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN OPG2 FAB, VARIABLE DOMAIN


分子量: 24508.473 Da / 分子数: 1 / 断片: VARIABLE DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01868*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1M CACODYLATE, PH6.5, 0.2M CALCIUM ACETATE AND 16% PEG 8000
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
121 mg/mlprotein/peptide1drop
216 %PEG80001reservoir
30.1 Mcacodylate1reservoir
40.2 Mcalcium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年3月12日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 20334 / % possible obs: 78 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.054

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
UCSD-systemAREA DETECTOR PROGRAMSデータ収集
NILSENデータ削減
X-PLOR3.851精密化
UCSD-systemデータ削減
X-GEN(HOWARDデータスケーリング
NILSENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OPG

1opg


解像度: 2→8 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.152 --
obs-20334 78 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3276 0 0 313 3589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.062
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 27.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.045
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.0350.041
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.020.015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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