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万見
- PDB-1bln: ANTI-P-GLYCOPROTEIN FAB MRK-16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bln
タイトルANTI-P-GLYCOPROTEIN FAB MRK-16
要素
  • PROTEIN (MONOCLONAL ANTIBODY MRK-16 (HEAVY CHAIN))
  • PROTEIN (MONOCLONAL ANTIBODY MRK-16 (LIGHT CHAIN))
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Vasudevan, S. / Tsuruo, T. / Rose, D.R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Mode of binding of anti-P-glycoprotein antibody MRK-16 to its antigen. A crystallographic and molecular modeling study.
著者: Vasudevan, S. / Tsuruo, T. / Rose, D.R.
#1: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 1996
タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of Anti-P-Gl Fab MRK-16 in Complex with its Antigenic Peptide
著者: Vasudevan, S. / Johns, K. / Rose, D.R.
履歴
登録1998年7月16日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年10月30日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (MONOCLONAL ANTIBODY MRK-16 (LIGHT CHAIN))
B: PROTEIN (MONOCLONAL ANTIBODY MRK-16 (HEAVY CHAIN))
C: PROTEIN (MONOCLONAL ANTIBODY MRK-16 (LIGHT CHAIN))
D: PROTEIN (MONOCLONAL ANTIBODY MRK-16 (HEAVY CHAIN))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9974
ポリマ－93,9974
非ポリマー00
水00
1
A: PROTEIN (MONOCLONAL ANTIBODY MRK-16 (LIGHT CHAIN))
B: PROTEIN (MONOCLONAL ANTIBODY MRK-16 (HEAVY CHAIN))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9982
ポリマ－46,9982
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18700 Å2
手法PISA
2
C: PROTEIN (MONOCLONAL ANTIBODY MRK-16 (LIGHT CHAIN))
D: PROTEIN (MONOCLONAL ANTIBODY MRK-16 (HEAVY CHAIN))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9982
ポリマ－46,9982
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.490, 67.774, 117.186
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9883, 0.1522, 0.0131), (-0.1497, 0.9821, -0.1143), (-0.0303, 0.111, 0.9934)
ベクター: 4.4738, -26.436, -61.4979)

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要素

#1: 抗体 PROTEIN (MONOCLONAL ANTIBODY MRK-16 (LIGHT CHAIN))


分子量: 23583.145 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 PROTEIN (MONOCLONAL ANTIBODY MRK-16 (HEAVY CHAIN))


分子量: 23415.236 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 4 / 詳細: pH 4.0
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Vasudevan, S., (1994) J. Mol. Biol., 241, 736.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: QUARTZ / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 18167 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.8→3 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 75
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 86 % / Num. measured all: 56513 / Rmerge(I) obs: 0.114
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75 % / Num. unique obs: 3111 / Num. measured obs: 5374 / Rmerge(I) obs: 0.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.8精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MCP

1mcp


解像度: 2.8→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 915 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 18736 80 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6606 0 0 0 6606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 19 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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