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万見
- PDB-1bj1: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH A NEUTRALIZING... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bj1
タイトルVASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH A NEUTRALIZING ANTIBODY
要素
  • Fab fragment, heavy chain
  • Fab fragment, light chain
  • Vascular endothelial growth factor A
キーワードIMMUNE SYSTEM / COMPLEX (ANTIBODY-ANTIGEN) / ANGIOGENIC FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis / post-embryonic camera-type eye development / primitive erythrocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C signaling / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood-brain barrier permeability / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / lung vasculature development / lymphangiogenesis / eye photoreceptor cell development / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / positive regulation of trophoblast cell migration / positive regulation of epithelial tube formation / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / vascular wound healing / positive regulation of protein localization to early endosome / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / camera-type eye morphogenesis / neuropilin binding / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / tube formation / positive regulation of vascular permeability / dopaminergic neuron differentiation / commissural neuron axon guidance / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / extracellular matrix binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / cardiac muscle cell development / epithelial cell maturation / sprouting angiogenesis / positive regulation of positive chemotaxis / endothelial cell proliferation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of leukocyte migration / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / artery morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / retinal ganglion cell axon guidance / positive regulation of neuroblast proliferation / positive chemotaxis / negative regulation of fat cell differentiation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / outflow tract morphogenesis / positive regulation of focal adhesion assembly / mesoderm development / monocyte differentiation / positive regulation of receptor internalization / macrophage differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell division / positive regulation of cell adhesion / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mammary gland alveolus development / vasculogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / heart morphogenesis / ovarian follicle development / cell maturation / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of endothelial cell proliferation / epithelial cell differentiation / lactation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Muller, Y.A. / Christinger, H.W. / De Vos, A.M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: VEGF and the Fab fragment of a humanized neutralizing antibody: crystal structure of the complex at 2.4 A resolution and mutational analysis of the interface.
著者: Muller, Y.A. / Chen, Y. / Christinger, H.W. / Li, B. / Cunningham, B.C. / Lowman, H.B. / de Vos, A.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Antibody Humanization Using Monovalent Phage Display
著者: Baca, M. / Presta, L.G. / O'Connor, S.J. / Wells, J.A.
#2: ジャーナル: Cancer Res. / 年: 1997
タイトル: Humanization of an Anti-Vascular Endothelial Growth Factor Monoclonal Antibody for the Therapy of Solid Tumors and Other Disorders
著者: Presta, L.G. / Chen, H. / O'Connor, S.J. / Chisholm, V. / Meng, Y.G. / Krummen, L. / Winkler, M. / Ferrara, N.
履歴
登録1998年6月30日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年9月26日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / struct_keywords / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.entity_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_db_isoform / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab fragment, light chain
H: Fab fragment, heavy chain
V: Vascular endothelial growth factor A
W: Vascular endothelial growth factor A
J: Fab fragment, light chain
K: Fab fragment, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,8158
ポリマ－120,6236
非ポリマー1922
水9,872548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.860, 66.980, 140.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.71072, 0.64251, -0.28645), (0.64095, 0.42361, -0.64012), (-0.28994, -0.63854, -0.71288)54.82044, -28.79642, -9.24218
2given(-0.739628, 0.624519, -0.25085), (0.591152, 0.424688, -0.685696), (-0.321698, -0.655451, -0.683297)54.21593, -27.24564, -9.62751
3given(-0.735665, 0.630878, -0.246556), (0.594965, 0.42788, -0.680394), (-0.323749, -0.647234, -0.690126)54.00932, -27.26712, -9.39712
4given(-0.730897, 0.64445, -0.224663), (0.587447, 0.426486, -0.687761), (-0.347412, -0.63466, -0.690298)53.20964, -26.53706, -9.98252
5given(-0.736348, 0.63769, -0.226147), (0.593318, 0.447919, -0.668836), (-0.325214, -0.626673, -0.708178)53.07691, -27.89837, -8.75862

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要素

#1: 抗体 Fab fragment, light chain / FAB-12


分子量: 23471.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HUMANIZED VERSION OF A MONOCLONAL MURINE ANTI-VEGF ANTIBODY
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
解説: HUMANIZED VERSION OF A MONOCLONAL MURINE ANTI-VEGF ANTIBODY
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab fragment, heavy chain / FAB-12


分子量: 24890.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HUMANIZED VERSION OF A MONOCLONAL MURINE ANTI-VEGF ANTIBODY
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
解説: HUMANIZED VERSION OF A MONOCLONAL MURINE ANTI-VEGF ANTIBODY
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Vascular endothelial growth factor A / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 11948.680 Da / 分子数: 2 / Fragment: RECEPTOR BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VEGFA, VEGF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15692
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE NUMBERING OF THE LIGHT CHAINS L AND J AS WELL AS OF THE HEAVY CHAINS H AND K IS SEQUENTIAL. ...THE NUMBERING OF THE LIGHT CHAINS L AND J AS WELL AS OF THE HEAVY CHAINS H AND K IS SEQUENTIAL. CONVERSION TO THE KABAT NUMBERING (E.A. KABAT, T.T. WU, M. REID-MILLER, H.M. PERRY, K.S. GOTTESMAN (1991) SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 5TH ED, NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH, BETHESDA, MD) IS GIVEN BELOW: SEQUENTIAL NUMBERING KABAT NUMBERING LIGHT CHAIN 1 - 213 1 - 213 HEAVY CHAIN 1 - 52 1 - 52 53 52A 54 - 83 53 - 82 84 - 86 82A - 82C 87 - 104 83 - 100 105 - 110 100A - 100F 111 - 226 101 - 216

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17.8 A280protein1drop
230 mMTris-HCl1drop
30.4 Msodium chloride1drop
415 %PEG1reservoir
510 %isopropanol1reservoir
60.2 Mammonium sulfate1reservoir
70.2 MMES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.914
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 1996年3月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 63147 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.128 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 81.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.3 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VPF AND 1FVD

2vpf

1fvd


解像度: 2.4→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.0035 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE MODEL IS UNUSUAL IN REGARD TO THE HIGH AVERAGE TEMPERATURE FACTOR OF 100 A2 OF THE CONSTANT DOMAIN OF THE SECOND FAB MOLECULE. HOWEVER THE USE OF NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY RESTRAINTS ...詳細: THE MODEL IS UNUSUAL IN REGARD TO THE HIGH AVERAGE TEMPERATURE FACTOR OF 100 A2 OF THE CONSTANT DOMAIN OF THE SECOND FAB MOLECULE. HOWEVER THE USE OF NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY RESTRAINTS GREATLY RESTRICTS THE CONFORMATIONAL FREEDOM OF THIS PORTION TO THE WELL-DEFINED CONSTANT DOMAIN OF THE FIRST FAB FRAGMENT. MORE DETAILS CAN BE FOUND IN THE PRIMARY PUBLICATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 5908 9.8 %THIN RESOLUTION SHELLS
Rwork0.196 ---
obs0.196 60401 94.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7 Å20 Å2-0.31 Å2
2---8.5 Å20 Å2
3---4.8 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8136 0 10 548 8694
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.66
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.97
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.47
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.61.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.12
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it52
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.32.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev position (Å)Weight position
11RESTRAINTSX-RAY DIFFRACTION0.23120
22X-RAY DIFFRACTION0.2220
33X-RAY DIFFRACTION0.22720
44X-RAY DIFFRACTION0.4235
55X-RAY DIFFRACTION0.3985
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 389 7.9 %
Rwork0.312 4550 -
obs--78.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 54493
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.97
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.47
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.312

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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