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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bi3 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF APO-AND HOLO-DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR | ||||||
要素 | DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR | ||||||
キーワード | REPRESSOR / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING / IRON | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transition metal ion binding / SH3 domain binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Pohl, E. / Hol, W.G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: Motion of the DNA-binding domain with respect to the core of the diphtheria toxin repressor (DtxR) revealed in the crystal structures of apo- and holo-DtxR. 著者: Pohl, E. / Holmes, R.K. / Hol, W.G. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: Three-Dimensional Structure of the Diphtheria Toxin Repressor in Complex with Divalent Cation Co-Repressors 著者: Qiu, X. / Verlinde, C.L. / Zhang, S. / Schmitt, M.P. / Holmes, R.K. / Hol, W.G. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992 タイトル: Purification and Characterization of the Diphtheria Toxin Repressor 著者: Schmitt, M.P. / Twiddy, E.M. / Holmes, R.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bi3.cif.gz | 81.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bi3.ent.gz | 63 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bi3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bi3_validation.pdf.gz | 454.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bi3_full_validation.pdf.gz | 465.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bi3_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bi3_validation.cif.gz | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/1bi3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/1bi3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25381.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) 株: C7(-) / 遺伝子: DTXR / プラスミド: PMS298 / 遺伝子 (発現宿主): T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-ALPHA / 参照: UniProt: P33120, UniProt: P0DJL7*PLUS #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Qiu, X., (1995) Structure (London), 3, 87. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / タイプ: NSLS / 波長: 1.28 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.28 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→8 Å / Num. obs: 19014 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Rsym value: 0.178 / % possible all: 91 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 177437 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→8 Å / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 2 詳細: 2FO-FC ELECTRON DENSITY IS MISSING FOR RESIDUES 1 - 3, 141 - 147 AND 199 - 200. THESE RESIDUES ARE ASSUMED TO BE DISORDERED. THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY IS WEAK OR MISSING FOR RESIDUES 148 - 226.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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