PDB-4ncq: Crystal structure of NiSOD H1A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ncq

タイトル

Crystal structure of NiSOD H1A mutant

要素

Superoxide dismutase [Ni]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / antioxidant / hexamer / superoxide dismutase / NiSOD / SOD / metal-binding / Ni-binding / Ni

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Guce, A.I. / Garman, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Nickel superoxide dismutase: structural and functional roles of His1 and its H-bonding network.
著者: Ryan, K.C. / Guce, A.I. / Johnson, O.E. / Brunold, T.C. / Cabelli, D.E. / Garman, S.C. / Maroney, M.J.

履歴

登録	2013年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月8日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ncq.cif.gz	146.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ncq.ent.gz	115.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ncq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ncq_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ncq_full_validation.pdf.gz	429.4 KB	表示
XML形式データ	4ncq_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	4ncq_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gx4S 1t6u 3g4x 3g4z 3g50 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1t6i-1 1q0m-d 1q0d-1 3g50-1 1q0d-2 1q0f-1 1q0g-2 1q0g-1 1q0k-2 1q0f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase [Ni]

B: Superoxide dismutase [Ni]

C: Superoxide dismutase [Ni]

39.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Superoxide dismutase [Ni]

B: Superoxide dismutase [Ni]

C: Superoxide dismutase [Ni]

A: Superoxide dismutase [Ni]

B: Superoxide dismutase [Ni]

C: Superoxide dismutase [Ni]

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.950, 110.742, 111.861
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-226- HOH
2	1	C-232- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	ALA	ALA	1	A	A	8 - 14	8 - 14
2	1	VAL	VAL	ALA	ALA	1	B	B	8 - 14	8 - 14
3	1	VAL	VAL	ALA	ALA	1	C	C	8 - 14	8 - 14
1	2	ARG	ARG	ARG	ARG	2	A	A	15	15
2	2	ARG	ARG	ARG	ARG	2	B	B	15	15
3	2	ARG	ARG	ARG	ARG	2	C	C	15	15
1	3	ILE	ILE	GLN	GLN	1	A	A	16 - 25	16 - 25
2	3	ILE	ILE	GLN	GLN	1	B	B	16 - 25	16 - 25
3	3	ILE	ILE	GLN	GLN	1	C	C	16 - 25	16 - 25
1	4	GLU	GLU	LYS	LYS	2	A	A	26 - 27	26 - 27
2	4	GLU	GLU	LYS	LYS	2	B	B	26 - 27	26 - 27
3	4	GLU	GLU	LYS	LYS	2	C	C	26 - 27	26 - 27
1	5	MET	MET	MET	MET	1	A	A	28	28
2	5	MET	MET	MET	MET	1	B	B	28	28
3	5	MET	MET	MET	MET	1	C	C	28	28
1	6	ALA	ALA	PHE	PHE	4	A	A	29 - 36	29 - 36
2	6	ALA	ALA	PHE	PHE	4	B	B	29 - 36	29 - 36
3	6	ALA	ALA	PHE	PHE	4	C	C	29 - 36	29 - 36
1	7	GLN	GLN	PHE	PHE	1	A	A	37 - 63	37 - 63
2	7	GLN	GLN	PHE	PHE	1	B	B	37 - 63	37 - 63
3	7	GLN	GLN	PHE	PHE	1	C	C	37 - 63	37 - 63
1	8	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	64	64
2	8	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	64	64
3	8	LYS	LYS	LYS	LYS	3	C	C	64	64
1	9	PRO	PRO	SER	SER	1	A	A	65 - 91	65 - 91
2	9	PRO	PRO	SER	SER	1	B	B	65 - 91	65 - 91
3	9	PRO	PRO	SER	SER	1	C	C	65 - 91	65 - 91
1	10	LYS	LYS	THR	THR	4	A	A	92 - 96	92 - 96
2	10	LYS	LYS	THR	THR	4	B	B	92 - 96	92 - 96
3	10	LYS	LYS	THR	THR	4	C	C	92 - 96	92 - 96
1	11	GLY	GLY	GLY	GLY	1	A	A	97	97
2	11	GLY	GLY	GLY	GLY	1	B	B	97	97
3	11	GLY	GLY	GLY	GLY	1	C	C	97	97
1	12	GLN	GLN	LYS	LYS	4	A	A	98 - 99	98 - 99
2	12	GLN	GLN	LYS	LYS	4	B	B	98 - 99	98 - 99
3	12	GLN	GLN	LYS	LYS	4	C	C	98 - 99	98 - 99
1	13	ALA	ALA	TRP	TRP	1	A	A	100 - 112	100 - 112
2	13	ALA	ALA	TRP	TRP	1	B	B	100 - 112	100 - 112
3	13	ALA	ALA	TRP	TRP	1	C	C	100 - 112	100 - 112
1	14	GLU	GLU	LYS	LYS	4	A	A	113 - 116	113 - 116
2	14	GLU	GLU	LYS	LYS	4	B	B	113 - 116	113 - 116
3	14	GLU	GLU	LYS	LYS	4	C	C	113 - 116	113 - 116

#1: タンパク質	Superoxide dismutase [Ni] / NiSOD / Nickel-containing superoxide dismutase 分子量: 13155.896 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 15-131 / 変異: H1A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 遺伝子: 2SC7G11.16c, SCO5254, sod1, sodN / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P80735, superoxide dismutase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Superoxide dismutase [Ni] / NiSOD / Nickel-containing superoxide dismutase

分子量: 13155.896 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 15-131 / 変異: H1A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: 2SC7G11.16c, SCO5254, sod1, sodN / プラスミド: pET30 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P80735, superoxide dismutase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 550 MME, 0.05 M CaCl2, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X6A / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月15日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR

放射

モノクロメーター: SI(111) CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.07→50 Å / Num. all: 20104 / Num. obs: 20104 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.068 / Χ²: 1.137 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.07-2.14	4.4	0.648	2010	0.909	1	90.8
2.14-2.23	4.4	0.52	2007	1.274	1	90.6
2.23-2.33	4.4	0.423	1984	1.157	1	89.7
2.33-2.45	4.4	0.33	1979	1.03	1	89
2.45-2.61	4.3	0.237	1958	1.103	1	88.1
2.61-2.81	4.3	0.17	1942	1.395	1	87.2
2.81-3.09	4.3	0.114	1921	1.43	1	85.6
3.09-3.54	4.3	0.069	1930	1.419	1	85.4
3.54-4.46	4.1	0.049	2004	0.64	1	87.9
4.46-50	4.7	0.034	2369	1.044	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB 3GX4

3gx4

解像度: 2.08→30.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.954 / SU ML: 0.146 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2375	996	5 %	RANDOM
R_work	0.1847	-	-	-
obs	0.1871	20025	88.43 %	-
all	-	20025	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.17 Å² / B_iso mean: 46.4279 Å² / B_iso min: 27.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.99 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→30.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2647	0	0	180	2827

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.943	1.943	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.724	3	6007
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.024	5	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.45	25.116	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.122	15	481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.527	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	3040
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	603

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	332	MEDIUM POSITIONAL	0.65	12
2	B	332	MEDIUM POSITIONAL	0.63	12
3	C	332	MEDIUM POSITIONAL	0.75	12
1	A	16	LOOSE POSITIONAL	0.98	18
2	B	16	LOOSE POSITIONAL	0.68	18
3	C	16	LOOSE POSITIONAL	0.8	18
1	A	1387	TIGHT THERMAL	2.67	0.5
2	B	1387	TIGHT THERMAL	2.63	0.5
3	C	1387	TIGHT THERMAL	2.48	0.5
1	A	332	MEDIUM THERMAL	5.01	2
2	B	332	MEDIUM THERMAL	3.73	2
3	C	332	MEDIUM THERMAL	4.49	2
1	A	16	LOOSE THERMAL	3.67	10
2	B	16	LOOSE THERMAL	4.89	10
3	C	16	LOOSE THERMAL	3.95	10

LS精密化シェル

解像度: 2.084→2.138 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	71	-
R_work	0.255	1294	-
all	-	1365	-
obs	-	-	82.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9195	-1.8426	-0.0605	1.851	0.4205	0.6475	0.0365	-0.0009	0.2486	-0.0992	0.0076	-0.0987	-0.0705	0.0264	-0.0441	0.0905	0.0077	0.036	0.0157	0.0272	0.0817	0.668	24.201	16.712
2	2.0349	1.3586	-1.1858	1.5907	-0.8938	2.0807	-0.1174	0.2496	-0.0391	-0.0653	0.0898	0.0573	0.0808	-0.1248	0.0276	0.0704	0.0148	0.0029	0.0541	-0.0146	0.0112	0.917	-7.691	16.399
3	1.2443	-0.6438	-1.2287	1.2289	0.9817	3.1683	0.0295	-0.063	0.0121	0.1427	-0.0107	-0.0707	0.1218	0.0644	-0.0187	0.0505	-0.0264	-0.0425	0.0429	0.0319	0.0656	15.711	8.329	39.894

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	8 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	8 - 116

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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