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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bhh | ||||||
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タイトル | FREE P56LCK SH2 DOMAIN | ||||||
要素 |
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キーワード | SH2 DOMAIN (SH2ドメイン) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / TRANSFERASE (転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of lymphocyte activation / positive regulation of leukocyte cell-cell adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway / CD28 co-stimulation / FLT3 signaling through SRC family kinases / intracellular zinc ion homeostasis / CD4 receptor binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Nef and signal transduction / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion ...regulation of lymphocyte activation / positive regulation of leukocyte cell-cell adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway / CD28 co-stimulation / FLT3 signaling through SRC family kinases / intracellular zinc ion homeostasis / CD4 receptor binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Nef and signal transduction / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / Interleukin-2 signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / Regulation of KIT signaling / CTLA4 inhibitory signaling / protein serine/threonine phosphatase activity / phospholipase activator activity / leukocyte migration / CD8 receptor binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / 中心体マトリックス / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / PECAM1 interactions / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / phospholipase binding / RHOH GTPase cycle / 造血 / Generation of second messenger molecules / 免疫シナプス / T cell differentiation / PD-1 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / T cell receptor binding / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / release of sequestered calcium ion into cytosol / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / GPVI-mediated activation cascade / T cell costimulation / phosphotyrosine residue binding / SH2 domain binding / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Signaling by SCF-KIT / 凝固・線溶系 / peptidyl-tyrosine phosphorylation / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / PIP3 activates AKT signaling / DAP12 signaling / T cell receptor signaling pathway / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / 脂質ラフト / protein phosphorylation / signaling receptor binding / 自然免疫系 / protein kinase binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Tong, L. / Warren, T.C. / Lukas, S. / Schembri-King, J. / Betageri, R. / Proudfoot, J.R. / Jakes, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: Carboxymethyl-phenylalanine as a replacement for phosphotyrosine in SH2 domain binding. 著者: Tong, L. / Warren, T.C. / Lukas, S. / Schembri-King, J. / Betageri, R. / Proudfoot, J.R. / Jakes, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bhh.cif.gz | 55.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bhh.ent.gz | 40.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bhh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/1bhh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/1bhh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12257.631 Da / 分子数: 1 / 断片: SH2 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06239, EC: 2.7.1.112 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11743.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06239 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.15 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月10日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 13477 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 42626 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |