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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bge | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CANINE AND BOVINE GRANULOCYTE-COLONY STIMULATING FACTOR (G-CSF) | ||||||
要素 | GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR | ||||||
キーワード | CYTOKINE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / positive regulation of myeloid cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity / immune response / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Canis lupus familiaris (イヌ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Lovejoy, B. / Cascio, D. / Eisenberg, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystal structure of canine and bovine granulocyte-colony stimulating factor (G-CSF). 著者: Lovejoy, B. / Cascio, D. / Eisenberg, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bge.cif.gz | 86.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bge.ent.gz | 67.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bge.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bge_validation.pdf.gz | 423.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bge_full_validation.pdf.gz | 427.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bge_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bge_validation.cif.gz | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/1bge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/1bge | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18871.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 生物種: Canis lupus / 株: familiaris / 参照: UniProt: P35834 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.54 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. all: 28860 / Num. obs: 15536 / % possible obs: 90.2 % / Rmerge(I) obs: 0.046 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→7 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.5 |