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万見
- PDB-1bf4: CHROMOSOMAL DNA-BINDING PROTEIN SSO7D/D(GCGAACGC) COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bf4
タイトルCHROMOSOMAL DNA-BINDING PROTEIN SSO7D/D(GCGAACGC) COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*5IUP*CP*GP*C)-3')
  • PROTEIN (CHROMOSOMAL PROTEIN SSO7D)
キーワードDNA-BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN / HYPERTHERMOPHILE / ARCHAEBACTERIA / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / DNA-BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA-binding protein 7d
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Su, S. / Gao, Y.-G. / Robinson, H. / Padmanabhan, S. / Lim, L. / Shriver, J.W. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: The crystal structure of the hyperthermophile chromosomal protein Sso7d bound to DNA.
著者: Gao, Y.G. / Su, S.Y. / Robinson, H. / Padmanabhan, S. / Lim, L. / McCrary, B.S. / Edmondson, S.P. / Shriver, J.W. / Wang, A.H.
履歴
登録1998年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*5IUP*CP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*CP*GP*C)-3')
A: PROTEIN (CHROMOSOMAL PROTEIN SSO7D)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1313
ポリマ－12,1313
非ポリマー00
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.870, 49.670, 37.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*5IUP*CP*GP*C)-3')


分子量: 2530.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 2436.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (CHROMOSOMAL PROTEIN SSO7D) / DNA-BINDING PROTEIN 7D / 7 KD DNA-BINDING PROTEIN D / SSO7D


分子量: 7164.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13123
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.3 mMSso7d1drop
21.3 mMDNA duplex1drop
32 mMTris-Cl1drop
45 %MPD1drop
52.6 %PEG4001drop
620 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→6 Å / Num. obs: 11595 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.36 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0737 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.6→1.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 86.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.6 % / Rmerge(I) obs: 0.278

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.84精密化
bioteXV. 1.1データ削減
bioteXV. 1.1データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SSO7D-GTAATTAC

解像度: 1.6→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1115 9.94 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 11256 95.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数502 322 0 114 938
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.921.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.042
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.682
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.762.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 130 10.3 %
Rwork0.343 1138 -
obs--86.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM_NDBX_HIGH.DNATOPH11.WAT
X-RAY DIFFRACTION2NEW.PAMTOP_NDBX.DNA
X-RAY DIFFRACTION3PARAM11.WATNEW.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.84 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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