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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bdr | ||||||
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タイトル | HIV-1 (2: 31, 33-37) PROTEASE COMPLEXED WITH INHIBITOR SB203386 | ||||||
![]() | HIV-1 PROTEASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / AIDS / POLYPROTEIN / ASPARTYL PROTEASE / ACID PROTEASE / HYDROXYETHYLENE ISOSTERE INHIBITOR / SUBSTRATE ANALOGUE INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Swairjo, M.A. / Abdel-Meguid, S.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural role of the 30's loop in determining the ligand specificity of the human immunodeficiency virus protease. 著者: Swairjo, M.A. / Towler, E.M. / Debouck, C. / Abdel-Meguid, S.S. #1: ![]() タイトル: Identification of a Loop Outside the Active Site Cavity of the Human Immunodeficiency Virus Proteases which Confers Inhibitor Specificity 著者: Towler, E.M. / Thompson, S.K. / Tomaszek, T. / Debouck, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10669.604 Da / 分子数: 2 / 変異: T31S, L33V, E34T, E35G, M36I, S37E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 株: IIIB / 遺伝子: HIV-1 PROTEASE / プラスミド: POTSKF33 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-IM1 / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION, BY MIXING EQUAL VOLUMES OF RESERVOIR AND SAMPLE, 21 DEG. C RESERVOIR: 28% 3.5 MG/ML PROTEIN/INHIBITOR COMPLEX AT 1:5 MOLAR RATIO., pH 5.2, vapor diffusion - ...詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION, BY MIXING EQUAL VOLUMES OF RESERVOIR AND SAMPLE, 21 DEG. C RESERVOIR: 28% 3.5 MG/ML PROTEIN/INHIBITOR COMPLEX AT 1:5 MOLAR RATIO., pH 5.2, vapor diffusion - hanging drop, temperature 294K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 292 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 6058 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 67.1 |
反射 | *PLUS 冗長度: 7.3 % / Num. measured all: 83770 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 67.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1SBG 解像度: 2.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.5 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.93 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. reflection obs: 6058 / Rfactor obs: 0.174 / Rfactor Rfree: 0.248 / Rfactor Rwork: 0.174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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