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万見
- PDB-1bdi: PURINE REPRESSOR MUTANT-HYPOXANTHINE-PALINDROMIC OPERATOR COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bdi
タイトルPURINE REPRESSOR MUTANT-HYPOXANTHINE-PALINDROMIC OPERATOR COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*GP*T )-3')
  • PROTEIN (PURINE REPRESSOR)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING / REPRESSOR / PURINE BIOSYNTHESIS / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


guanine binding / negative regulation of purine nucleotide biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, PurR / LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) ...Transcription regulator HTH, PurR / LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYPOXANTHINE / DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional repressor PurR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Glasfeld, A. / Schumacher, M.A. / Choi, K.Y. / Zalkin, H. / Brennan, R.G.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1996
タイトル: A Positively Charged Residue Bound in the Minor Groove Does not Alter the Bending of a DNA Duplex
著者: Glasfeld, A. / Schumacher, M.A. / Choi, K.Y. / Zalkin, H. / Brennan, R.G.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of LacI Member, PurR, Bound to DNA: Minor Groove Binding by Alpha Helices
著者: Schumacher, M.A. / Choi, K.Y. / Zalkin, H. / Brennan, R.G.
履歴
登録1996年7月25日処理サイト: NDB
改定 1.01997年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*GP*T )-3')
A: PROTEIN (PURINE REPRESSOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4303
ポリマ－43,2942
非ポリマー1361
水362
1
B: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*GP*T )-3')
A: PROTEIN (PURINE REPRESSOR)
ヘテロ分子

B: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*GP*T )-3')
A: PROTEIN (PURINE REPRESSOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8606
ポリマ－86,5884
非ポリマー2722
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)176.160, 94.990, 81.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*GP*T )-3')


分子量: 5202.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (PURINE REPRESSOR) / PURA


分子量: 38091.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACP7
#3: 化合物 ChemComp-HPA / HYPOXANTHINE / ヒポキサンチン


分子量: 136.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 63 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.12 mMprotein1drop
20.2 mMdithiothreitol1drop
338 mMsodium-potassium phosphate 1drop
41.7 mMDNA1drop
514.3 mMsodium cacodylate1drop
611.9 %PEG40001drop
70.19 Mammonium sulfate1drop
890 mMcobalt hexammine1drop
90.05 Mammonium phosphate1drop
1025 %PEG40001reservoir
110.4 Mammonium sulphate1reservoir
1250 mMcobalt hexammine1reservoir
130.1 Mammonium phosphate1reservoir

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データ収集

検出器タイプ: UCSD MARK III / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 27051 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06714
反射
*PLUS
% possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 1.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
UCSDデータ削減
精密化解像度: 3→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.157 12428
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2652 345 10 2 3009
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.72.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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