+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b8n | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE | ||||||
![]() | PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PENTOSYLTRANSFERASE / PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine ribonucleoside salvage / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fedorov, A.A. / Kicska, G.A. / Fedorov, E.V. / Strokopytov, B.V. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic dissection of the hydrogen bond network for transition-state analogue binding to purine nucleoside phosphorylase 著者: Kicska, G.A. / Tyler, P.C. / Evans, G.B. / Furneaux, R.H. / Shi, W. / Fedorov, A.A. / Lewandowicz, A. / Cahill, S.M. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. #1: ![]() タイトル: Calf spleen purine nucleoside phosphorylase complexed with substrates and substrate analogues. 著者: Mao, C. / Cook, W.J. / Zhou, M. / Federov, A.A. / Almo, S.C. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 52.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 466.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1pbnS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31687.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: COMPLEXED WITH TRANSITION-STATE ANALOGUE 1,4-DIDEOXY-1,4-IMINO-1-(S)-(9-DEAZAGUANIN-9-YL)-D-RIBITOL 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-IMG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Fedorov, R.H., (2001) Biochemistry, 40, 853. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 140 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.04019 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 16237 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 |
反射 | *PLUS % possible obs: 86.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76.8 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PBN 解像度: 2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 26.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.296 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.241 |