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- PDB-1b8e: HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE BOVINE BETA-LACTOGLOBULI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b8e
タイトルHIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE BOVINE BETA-LACTOGLOBULIN (ISOFORMS A AND B) IN ORTHOROMBIC SPACE GROUP
要素PROTEIN (BETA-LACTOGLOBULIN)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / BETA-LACTOGLOBULIN / VARIANTS / LIPOCALIN
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Oliveira, K.M.G. / Sawyer, L. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structures of bovine beta-lactoglobulin in the orthorhombic space group C222(1). Structural differences between genetic variants A and B and features of the Tanford transition.
著者: Oliveira, K.M. / Valente-Mesquita, V.L. / Botelho, M.M. / Sawyer, L. / Ferreira, S.T. / Polikarpov, I.
履歴
登録1999年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (BETA-LACTOGLOBULIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3011
ポリマ－18,3011
非ポリマー00
水1,874104
1
A: PROTEIN (BETA-LACTOGLOBULIN)

A: PROTEIN (BETA-LACTOGLOBULIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6022
ポリマ－36,6022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)55.640, 81.650, 66.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (BETA-LACTOGLOBULIN)


分子量: 18301.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ALL REAGENTS WERE PURCHASED FROM SIGMA / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BREAST / Secretion: MILK / Variant: VARIANT B / 組織: MAMMARY GLAND / 参照: UniProt: P02754
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE VARIANT B DIFFERS IN PRIMARY AMINO ACID SEQUENCE FROM VARIANT A AT THE POSITIONS 64 (GLU-->ASP) ...THE VARIANT B DIFFERS IN PRIMARY AMINO ACID SEQUENCE FROM VARIANT A AT THE POSITIONS 64 (GLU-->ASP) AND 118 (ALA -->VAL)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING OSCILLATION METHOD
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: METHOD IN PRESENCE OF AMMONIUM SULPHATE 2.5 M, 180MM TRIZMA BUFFER AT A PROTEIN CONCENTRATION OF 20MG/ML, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
22.5 Mammonium sulfate1reservoir
3180 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.38
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→14.98 Å / Num. obs: 9834 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 25.18 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rsym value: 0.44 / % possible all: 88.8
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.8 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: B-LG LATTICE Y FROM MIXTURE OF GENETIC VARIANTS A AND B

解像度: 1.95→9.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 471 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs-9795 85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→9.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1197 0 0 104 1301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d3.55
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.256 / Rfactor Rwork: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 40.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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