PDB-1b77: BUILDING A REPLISOME STRUCTURE FROM INTERACTING PIECES: A SLIDING...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1b77

タイトル

BUILDING A REPLISOME STRUCTURE FROM INTERACTING PIECES: A SLIDING CLAMP COMPLEXED WITH AN INTERACTION PEPTIDE FROM DNA POLYMERASE

要素

PROTEIN (SLIDING CLAMP)

キーワード

SLIDING CLAMP / GP45 / REPLISOME

機能・相同性

機能・相同性情報

viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / DNA replication
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage RB69 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Shamoo, Y. / Steitz, T.A.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Building a replisome from interacting pieces: sliding clamp complexed to a peptide from DNA polymerase and a polymerase editing complex.
著者: Shamoo, Y. / Steitz, T.A.

履歴

登録	1999年1月27日	処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1b77.cif.gz	153.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1b77.ent.gz	122.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1b77.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1b77_validation.pdf.gz	440.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1b77_full_validation.pdf.gz	453.7 KB	表示
XML形式データ	1b77_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	1b77_validation.cif.gz	51.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/1b77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/1b77	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1b8hC 1clqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1b8h-d 6drt-d 1czd-d 5g4q-1 4tr7-d 6fvo-2 4s3i-1 1lj7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (5)

登録構造単位

A: PROTEIN (SLIDING CLAMP)

B: PROTEIN (SLIDING CLAMP)

C: PROTEIN (SLIDING CLAMP)

75.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.900, 87.600, 138.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.93819, 0.2581, 0.23062), (0.32837, -0.45311, -0.82877), (-0.10941, 0.85328, -0.50985)	-44.94521, 187.2319, 163.21458
2	given	(0.92134, 0.33923, -0.18987), (0.33229, -0.43375, 0.83752), (0.20176, -0.83474, -0.51235)	9.89061, -42.47113, 250.70518

#1: タンパク質	PROTEIN (SLIDING CLAMP) / GP45 分子量: 25133.475 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ) 属: T4-like viruses / 遺伝子: GENE 45 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O80164
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %

結晶化

pH: 7.5 / 詳細: 16-18% PEG 8000, 0.2 M CA ACETATE PH7.5

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	7.5 mg/ml	protein	1	drop
2	8-9 %(w/v)	PEG8000	1	drop
3	0.1 M	calcium acetate	1	drop
4	0.1 M	HEPES	1	drop
5	16-18 %(w/v)	PEG8000	1	reservoir
6	0.2 M	calcium acetate	1	reservoir
7	0.1 M	HEPES	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9188
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1997年11月1日 / 詳細: SILICON 111 BENDING MIRROR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9188 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 47361 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 15 Å² / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 6.6
反射	PLUS Num. measured all: 151555 / R_merge(I) obs*: 0.07

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CNS	精密化
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PRELIMINARY COORDINATE OF T4 GP45 FROM J. KURIYAN

解像度: 2.1→20 Å / R_factor R_free error: 0.004 / Data cutoff high rms absF: 347237.93 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	4506	10 %	RANDOM
R_work	0.225	-	-	-
obs	-	45020	94.9 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 45.02 Å² / k_sol: 0.316 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.96 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.36 Å	0.28 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.36 Å	0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5298	0	0	713	6011

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d	24.7
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d	0.65
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it	0.54	1.5
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it	0.97	2
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it	0.85	2
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it	1.32	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.23 Å / R_factor R_free error: 0.014 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	667	10.1 %
R_work	0.293	5930	-
obs	-	-	84.9 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	24.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.65
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)