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万見
- PDB-1b69: THE SOLUTION STRUCTURE OF TN916 INTEGRASE N-TERMINAL DOMAIN/DNA C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b69
タイトルTHE SOLUTION STRUCTURE OF TN916 INTEGRASE N-TERMINAL DOMAIN/DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*C)-3')
  • PROTEIN (INTEGRASE)
キーワードINTEGRASE/DNA / INTEGRASE / DNA BINDING / TRANSPOSITION / COMPLEX / BETA-SHEET RECOGNITION / INTEGRASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


integrase activity / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Integrase, Tn916-type, N-terminal DNA binding / DNA binding domain of tn916 integrase / : / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily ...Integrase, Tn916-type, N-terminal DNA binding / DNA binding domain of tn916 integrase / : / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Classic Zinc Finger / DNA-binding domain superfamily / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transposase from transposon Tn916
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Clubb, R.T. / Wojciak, J.M. / Connolly, K.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: NMR structure of the Tn916 integrase-DNA complex.
著者: Wojciak, J.M. / Connolly, K.M. / Clubb, R.T.
履歴
登録1999年1月21日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02019年10月16日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / pdbx_entity_src_syn ...atom_site / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.version / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3')
A: PROTEIN (INTEGRASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1183
ポリマ－16,1183
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3340 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area8720 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*C)-3')


分子量: 4014.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3')


分子量: 3925.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 PROTEIN (INTEGRASE)


分子量: 8177.321 Da / 分子数: 1 / Fragment: N-TERMINAL DNA BINDING DOMAIN / Mutation: C57A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: BL21(DE3) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22886

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: NOESY ETC.
NMR実験の詳細Text: THREE AND FOUR-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR NMR EXPERIMENTS

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試料調製

試料状態pH: 6 / 温度: 305 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.843BRUNGER精密化
X-PLOR3.843BRUNGER構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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