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- PDB-1b2s: STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b2s
タイトルSTRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE
要素
  • PROTEIN (BARNASE)
  • PROTEIN (BARSTAR)
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / RNASE-INHIBITOR COMPLEX / INTERFACIAL DOUBLE MUTANT / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Barstar-like / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar-like superfamily / Barnase; Chain D / : / Barnase / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin ...Barstar-like / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar-like superfamily / Barnase; Chain D / : / Barnase / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease / Barstar
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Vaughan, C.K. / Buckle, A.M. / Fersht, A.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structural response to mutation at a protein-protein interface.
著者: Vaughan, C.K. / Buckle, A.M. / Fersht, A.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Protein-Protein Recognition: Crystal Structural Analysis of a Barnase-Barstar Complex at 2.0-A Resolution
著者: Buckle, A.M. / Schreiber, G. / Fersht, A.R.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Stability and Function: Two Constraints in the Evolution of Barstar and Other Proteins
著者: Schreiber, G. / Buckle, A.M. / Fersht, A.R.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1993
タイトル: Recognition between a Bacterial Ribonuclease, Barnase, and its Natural Inhibitor, Barstar
著者: Guillet, V. / Lapthorn, A. / Hartley, R.W. / Mauguen, Y.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Interaction of Barnase with its Polypeptide Inhibitor Barstar Studied by Protein Engineering
著者: Schreiber, G. / Fersht, A.R.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: Molecular Structures of a New Family of Ribonucleases
著者: Mauguen, Y. / Hartley, R.W. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Bricogne, G. / Chothia, C. / Jack, A.
履歴
登録1998年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (BARNASE)
B: PROTEIN (BARNASE)
C: PROTEIN (BARNASE)
D: PROTEIN (BARSTAR)
E: PROTEIN (BARSTAR)
F: PROTEIN (BARSTAR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1828
ポリマ－67,9906
非ポリマー1922
水10,485582
1
A: PROTEIN (BARNASE)
D: PROTEIN (BARSTAR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6632
ポリマ－22,6632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (BARNASE)
E: PROTEIN (BARSTAR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8554
ポリマ－22,6632
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PROTEIN (BARNASE)
F: PROTEIN (BARSTAR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6632
ポリマ－22,6632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)206.240, 43.510, 83.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.222582, -0.907497, 0.356239), (-0.88726, 0.037135, -0.459771), (0.404013, -0.418413, -0.813452)39.8215, 49.259, 37.3714
2given(0.682305, 0.029232, 0.730483), (-0.027492, -0.997467, 0.065595), (0.73055, -0.064838, -0.679774)-21.5404, 92.8856, 23.4131
3given(-0.186961, -0.902901, 0.38706), (-0.888914, -0.012234, -0.45791), (0.418183, -0.429674, -0.800314)39.6169, 50.4526, 37.0396
4given(0.620576, 0.002498, 0.784142), (-0.004879, -0.999963, 0.007047), (0.784131, -0.008199, -0.620541)-24.4649, 89.8795, 22.6121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (BARNASE)


分子量: 12340.618 Da / 分子数: 3 / 変異: K27A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
細胞内の位置: EXTRACELLULAR / プラスミド: PMT410 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG2 / 参照: UniProt: P00648, EC: 3.1.27.3
#2: タンパク質 PROTEIN (BARSTAR)


分子量: 10322.713 Da / 分子数: 3 / 変異: T43A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
細胞内の位置: CYTOSOL / プラスミド: PML2BS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)[PLYSE] / 参照: UniProt: P11540
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 18% PEG-4K 0.1M TRIS PH8.0 0.2M LI2SO4
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2TRIS11
3LI SULFATE11
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120-24 %(w/v)PEG40001reservoir
20.2 M1reservoirLiSO4
30.1 MTris1reservoir
420 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.911
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→33.71 Å / Num. obs: 59006 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.82→1.91 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 80.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BRS

1brs


解像度: 1.82→31 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 -5 %
Rwork0.194 --
obs-64130 91.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 22.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4786 0 10 582 5378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0280.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.030.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.442
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.123
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.653
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1210.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2450.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.130.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.17
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor28.720
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 31 Å / Num. reflection obs: 55983 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.193 / Rfactor Rfree: 0.248
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 22.83 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it21.44
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it21.8
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it32.12
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it32.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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