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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b2k | ||||||
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タイトル | Structural effects of monovalent anions on polymorphic lysozyme crystals | ||||||
![]() | PROTEIN (LYSOZYME) | ||||||
![]() | HYDROLASE / HYDROLASE (O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vaney, M.C. / Broutin, I. / Ries-Kautt, M. / Ducruix, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural effects of monovalent anions on polymorphic lysozyme crystals. 著者: Vaney, M.C. / Broutin, I. / Retailleau, P. / Douangamath, A. / Lafont, S. / Hamiaux, C. / Prange, T. / Ducruix, A. / Ries-Kautt, M. #1: ![]() タイトル: Refinement of Triclinic Hen Egg-White Lysozyme at Atomic Resolution 著者: Walsh, M.A. / Schneider, T.R. / Sieker, L.C. / Dauter, Z. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S. #2: ![]() タイトル: Structures of Monoclinic Lysozyme Iodide at 1.6 Ang. And of Triclinic Lysozyme Nitrate at 1.1 Ang 著者: Steinrauf, L.K. #3: ![]() タイトル: Locations of Bromide Ions in Tetragonal Lysozyme Crystals 著者: Lim, K. / Nadarajah, A. / Forsythe, E.L. / Pusey, M.L. #4: ![]() タイトル: High-Resolution Structure (1.33 Ang.) Of a Hewl Lysozyme Tetragonal Crystal Grown in the Apcf Apparatus. Data and Structural Comparison with a Crystal Grown Under Microgravity from Spachab-01 Mission 著者: Vaney, M.C. / Maignan, S. / Ries-Kautt, M. / Ducruix, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | 非ポリマーの詳細 | WATER MOLECULE HOH 746, WELL-DEFINED IN THE DENSITY, IS HYDROGEN-BONDED WITH NE OF ARG 112A WITH A ...WATER MOLECULE HOH 746, WELL-DEFINED IN THE DENSITY, IS HYDROGEN-BONDED WITH NE OF ARG 112A WITH A DISTANCE OF 3.45 ANG. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 4.5 詳細: THE ISOIONIC PROTEIN HEWL WAS ACIDIFIED BY ADDING OF HI UNTIL THE PH 4.5 WAS REACHED AT 291K WERE 25 MG/ML OF PROTEIN AND 0.07 M OF NAI VERSUS A WELL CONTAINING 0.14 M OF NAI AT PH4.5 | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: pH is adjusted to 4.5 with HI, drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.901 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→13.3 Å / Num. obs: 26152 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.54 / % possible all: 95.6 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.095 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 193L 解像度: 1.6→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.67 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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