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- PDB-1azs: COMPLEX OF GS-ALPHA WITH THE CATALYTIC DOMAINS OF MAMMALIAN ADENY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1azs
タイトルCOMPLEX OF GS-ALPHA WITH THE CATALYTIC DOMAINS OF MAMMALIAN ADENYLYL CYCLASE
要素
  • GS-ALPHA
  • IIC2
  • VC1
キーワードCOMPLEX (LYASE/HYDROLASE) / COMPLEX (LYASE-HYDROLASE) / HYDROLASE / SIGNAL TRANSDUCING PROTEIN / CYCLASE / EFFECTOR ENZYME / COMPLEX (LYASE-HYDROLASE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Adenylate cyclase activating pathway / Hedgehog 'off' state / PKA activation / Adenylate cyclase inhibitory pathway / sensory perception of chemical stimulus / adenylate cyclase / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cAMP biosynthetic process / G alpha (z) signalling events / adenylate cyclase activity ...Adenylate cyclase activating pathway / Hedgehog 'off' state / PKA activation / Adenylate cyclase inhibitory pathway / sensory perception of chemical stimulus / adenylate cyclase / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cAMP biosynthetic process / G alpha (z) signalling events / adenylate cyclase activity / adenylate cyclase binding / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / D1 dopamine receptor binding / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / cellular response to forskolin / adenylate cyclase activator activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cAMP-mediated signaling / ionotropic glutamate receptor binding / insulin-like growth factor receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cilium / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein complex / manganese ion binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / intracellular signal transduction / membrane raft / GTPase activity / dendrite / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate cyclase, conserved domain / Adenylate cyclase / Adenylate cyclase, N-terminal / Adenylate cyclase, conserved domain / Adenylyl cyclase N-terminal extracellular and transmembrane region / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. ...Adenylate cyclase, conserved domain / Adenylate cyclase / Adenylate cyclase, N-terminal / Adenylate cyclase, conserved domain / Adenylyl cyclase N-terminal extracellular and transmembrane region / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / G-protein alpha subunit, group S / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYLPIPERAZINOFORSKOLIN / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adenylate cyclase type 2 / Adenylate cyclase type 5
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tesmer, J.J.G. / Sprang, S.R.
引用ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the catalytic domains of adenylyl cyclase in a complex with Gsalpha.GTPgammaS.
著者: Tesmer, J.J. / Sunahara, R.K. / Gilman, A.G. / Sprang, S.R.
履歴
登録1997年11月20日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月2日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VC1
B: IIC2
C: GS-ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5556
ポリマ－95,4403
非ポリマー1,1143
水1,24369
1
A: VC1
B: IIC2
C: GS-ALPHA
ヘテロ分子

A: VC1
B: IIC2
C: GS-ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,10912
ポリマ－190,8816
非ポリマー2,2296
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.000, 134.050, 70.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 VC1


分子量: 25010.822 Da / 分子数: 1 / 断片: C1A DOMAIN OF ADENYLYL CYCLASE / 変異: V476M, N-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 生物種: Canis lupus / 株: familiaris / 組織: CARDIAC MUSCLE / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / 遺伝子: ADENYLYL CYCLASE TYPE V / 器官: PLASMA / プラスミド: PQE60-H6-VC1(580) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): GNAS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P30803, adenylate cyclase
#2: タンパク質 IIC2


分子量: 23717.033 Da / 分子数: 1 / 断片: C2A DOMAIN OF ADENYLYL CYCLASE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: SPRAGUE-DAWLEY / 組織: BRAIN / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / 遺伝子: ADENYLYL CYCLASE TYPE II / 器官: PLASMA / プラスミド: PQE60-ARGC-IIC2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): GNAS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P26769, adenylate cyclase
#3: タンパク質 GS-ALPHA / STIMULATORY G-PROTEIN ALPHA SUBUNIT


分子量: 46712.500 Da / 分子数: 1
変異: C-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG, NOT PALMITOYLATED AT AMINO TERMINUS
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM AND INNER PLASMA MEMBRANE / 遺伝子: GNAS / 器官: PLASMA / Variant: SHORT SPLICE FORM / プラスミド: PQE60-GSALPHA-H / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): GNAS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P04896

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非ポリマー , 4種, 72分子

#4: 化合物 ChemComp-FKP / METHYLPIPERAZINOFORSKOLIN


分子量: 550.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H50N2O7
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
解説: DUE TO THE ANISOTROPIC DIFFRACTION, DATA WITH |L| 18 WERE DISCARDED PRIOR TO SCALING. INCLUDING THIS DATA, COMPLETENESS IS 96.7%, REDUNDANCY IS 3.1, RSYM IS 11.6%, AND AVERAGE I/SIGMA(I) IS 8. ...解説: DUE TO THE ANISOTROPIC DIFFRACTION, DATA WITH |L| 18 WERE DISCARDED PRIOR TO SCALING. INCLUDING THIS DATA, COMPLETENESS IS 96.7%, REDUNDANCY IS 3.1, RSYM IS 11.6%, AND AVERAGE I/SIGMA(I) IS 8.6. AVERAGE I/SIGMA (I) FOR THE OMITTED REFLECTIONS (AFTER SCALING) IS 1.7.
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: CRYSTALLIZED IN HANGING DROPS CONTAINING PROTEIN MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION OF 7.2-7.5% PEG 8000, 500MM NACL AND 100 MM (PH 5.4-5.6), vapor diffusion - hanging drop
PH範囲: 5.4-5.6
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 5.6 / PH range high: 5.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15 mMdithiothreitol1drop
20.200 mMMPFsk1drop
30.500 mMGTPgammaS1drop
48 mg/mlcomplex1drop
57.2-7.5 %PEG80001reservoir
6500 mM1reservoirNaCl
7100 mMMES1reservoirpH5.4-5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1997年6月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 37320 / % possible obs: 75.1 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.333 / % possible all: 46.6
反射
*PLUS
Num. all: 48048 / Rmerge(I) obs: 0.095

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GIA

1gia


解像度: 2.3→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: A BULK SOLVENT CORRECTION WAS USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 3752 7.4 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 37182 73.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.26 Å20 Å20 Å2
2---24.28 Å20 Å2
3---39.54 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 15 Å / Luzzati sigma a obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5740 32 40 70 5882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.41
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.3741.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.3031
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.7011.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 256 4.1 %
Rwork0.346 2328 -
obs--41.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
X-RAY DIFFRACTION3PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION4FOK.PARFOK.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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