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- PDB-1axm: HEPARIN-LINKED BIOLOGICALLY-ACTIVE DIMER OF FIBROBLAST GROWTH FACTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1axm
タイトルHEPARIN-LINKED BIOLOGICALLY-ACTIVE DIMER OF FIBROBLAST GROWTH FACTOR
要素ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
キーワードGROWTH FACTOR / HUMAN ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR / HEPARIN DECASACCHARIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / FGFR2b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / Signaling by activated point mutants of FGFR3 ...mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / FGFR2b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR4 ligand binding and activation / FGFR1b ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / organ induction / FGFR1c ligand binding and activation / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / S100 protein binding / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation of intracellular signal transduction / Signaling by FGFR2 IIIa TM / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / positive regulation of sprouting angiogenesis / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of cell division / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / anatomical structure morphogenesis / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR1 in disease / Hsp70 protein binding / activation of protein kinase B activity / regulation of cell migration / positive regulation of endothelial cell migration / extracellular matrix / epithelial cell proliferation / animal organ morphogenesis / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / lung development / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / growth factor activity / positive regulation of MAP kinase activity / wound healing / positive regulation of angiogenesis / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / integrin binding / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / cell cortex / cellular response to heat / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / angiogenesis / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell differentiation / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者DiGabriele, A.D. / Lax, I. / Chen, D.I. / Svahn, C.M. / Jaye, M. / Schlessinger, J. / Hendrickson, W.A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Structure of a heparin-linked biologically active dimer of fibroblast growth factor.
著者: DiGabriele, A.D. / Lax, I. / Chen, D.I. / Svahn, C.M. / Jaye, M. / Schlessinger, J. / Hendrickson, W.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: X-ray crystal structure of human acidic fibroblast growth factor.
著者: Blaber, M. / DiSalvo, J. / Thomas, K.A.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Heparin Structure and Interactions with Basic Fibroblast Growth Factor
著者: Faham, S. / Hileman, R.E. / Fromm, J.R. / Linhardt, R.J. / Rees, D.C.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1993
タイトル: Structural Studies of the Binding of the Anti-Ulcer Drug Sucrose Octasulfate to Acidic Fibroblast Growth Factor
著者: Zhu, X. / Hsu, B.T. / Rees, D.C.
履歴
登録1997年10月16日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / software / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月2日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
B: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
C: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
D: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
E: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
F: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4349
ポリマ－92,0176
非ポリマー4,4183
水1,27971
1
A: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
B: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1663
ポリマ－30,6722
非ポリマー1,4941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
F: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1013
ポリマ－30,6722
非ポリマー1,4291
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
E: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1663
ポリマ－30,6722
非ポリマー1,4941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.690, 158.050, 190.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.95951, 0.06361, 0.27441), (-0.01065, -0.96528, 0.26102), (0.28149, -0.25337, -0.92551)-11.0267, 2.80977, 94.12106
2given(-0.58882, 0.72708, -0.35305), (0.75921, 0.64739, 0.06701), (0.27729, -0.22858, -0.9332)28.19709, 27.1461, 157.20302
3given(-0.62077, 0.78394, 0.00898), (-0.78369, -0.62081, 0.02034), (0.02152, 0.00559, 0.99975)-24.62529, 37.83826, 127.53954
4given(-0.3997, -0.91033, 0.10739), (0.91606, -0.40089, 0.01115), (0.0329, 0.10283, 0.99415)24.34238, 39.48433, 63.02549
5given(-0.40573, -0.91367, -0.0243), (-0.88805, 0.40036, -0.22602), (0.21624, -0.07013, -0.97382)-16.08838, 44.64824, 221.62483
6given(-0.63416, -0.77297, -0.01872), (0.7732, -0.63392, -0.01771), (0.00182, -0.02571, 0.99967)25.0228, 39.55009, 63.28213
7given(-0.44042, 0.82973, 0.34289), (-0.89751, -0.41654, -0.14484), (0.02265, -0.37153, 0.92814)-46.21931, 49.49619, 134.70387

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要素

#1: タンパク質
ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR / FGF-1


分子量: 15336.096 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FOR EACH OF THE DECASACCHARIDE CHAINS IN THE ASYMMETRIC UNIT, FIVE MONOSACCHARIDE UNITS ARE DISORDERED
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: NERVE / Cell: ENDOTHELIAL / 細胞株: JM109 DE3 / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR MATRIX / 遺伝子: ECGF / 器官: BRAIN STEM / プラスミド: PET-3A / 細胞株 (発現宿主): JM109 DE3 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P05230
#2: 多糖 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid- ...2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1494.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose- ...2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1429.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,5,4/[a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][b-L-IdopA2SO3]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
解説: BOTH MOLECULAR REPLACEMENT AND MAD WERE USED FOR PHASE DETERMINATION AND COMBINATION
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN/HEPARIN COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 8000, 200 MM MGSO4, 100 MM HEPES, PH 7.0; CRYSTAL WAS SOAKED IN 22% XYLITOL PRIOR TO DATA COLLECTION.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
120 mg/mlprotein1drop
220 %PEG80001reservoir
3200 mM1reservoirMgSO4
4100 mMHEPES1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.98789
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年2月4日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 25115 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.337 / % possible all: 86.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADSYS位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRIES 1AFC, 1HPN

1afc

1hpn


解像度: 3→14 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 2077 8.8 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 23540 88.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6125 0 267 71 6463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it21.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.52
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS / Rms dev Biso : 1.56 Å2 / Rms dev position: 0.27 Å / Weight Biso : 2
LS精密化 シェル解像度: 3→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 313 9.5 %
Rwork0.295 2449 -
obs--83.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION2PARAMCSDX_MOD.PROTOPHCSDX_MOD.PRO
X-RAY DIFFRACTION3HEP96.PARTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION4HEP96.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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