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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1avt | ||||||
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タイトル | SUBTILISIN CARLSBERG D-PARA-CHLOROPHENYL-1-ACETAMIDO BORONIC ACID INHIBITOR COMPLEX | ||||||
![]() | SUBTILISIN CARLSBERG, TYPE VIII | ||||||
![]() | SERINE PROTEASE / HYDROLASE / BORONIC ACID INHIBITORS | ||||||
機能・相同性 | ![]() subtilisin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stoll, V.S. / Eger, B.T. / Hynes, R.C. / Martichonok, V. / Jones, J.B. / Pai, E.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Differences in binding modes of enantiomers of 1-acetamido boronic acid based protease inhibitors: crystal structures of gamma-chymotrypsin and subtilisin Carlsberg complexes. 著者: Stoll, V.S. / Eger, B.T. / Hynes, R.C. / Martichonok, V. / Jones, J.B. / Pai, E.F. #1: ![]() タイトル: Probing the Specificity of the Serine Proteases Subtilisin Carlsberg and A-Chymotrypsin with Enantiomeric 1-Acetamido Boronic Acids. An Unexpected Reversal of the Normal "L"-Stereoselectivity Preference 著者: Martichonok, V. / Jones, J.B. #2: ![]() タイトル: Probing the Specificity of the S1 Binding Site of Subtilisin Carlsberg with Boronic Acids 著者: Seufer-Wasserthal, P. / Martichonok, V. / Keller, T.H. / Chin, B. / Martin, R. / Jones, J.B. #3: ![]() タイトル: Enzyme Crystal Structure in a Neat Organic Solvent 著者: Fitzpatrick, P.A. / Steinmetz, A.C. / Ringe, D. / Klibanov, A.M. #4: ![]() タイトル: The Structure of Subtilopeptidase A. I. X-Ray Crystallographic Data 著者: Petsko, G.A. / Tsernoglou, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27546.670 Da / 分子数: 1 / 断片: FULL PROTEIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURCHASED FROM SIGMA / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 % 解説: THE COORDINATES OF THE STARTING MODEL WERE RE-INDEXED TO CONFORM TO AXIS LABELING CONVENTION A | 結晶化 | pH: 7 / 詳細: AS GIVEN IN REFERENCE 4, pH 7.0 | |||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.6 / 手法: batch method / 詳細: Petsko, G.A., (1976) J.Mol.Biol., 106, 453. | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年11月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 15092 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Rsym value: 0.083 / % possible all: 94.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOSTRUCTURAL TO 1SCA 開始モデル: PDB ENTRY 1SCA 解像度: 2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.227 |