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万見
- PDB-1at0: 17-kDA fragment of hedgehog C-terminal autoprocessing domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1at0
タイトル17-kDA fragment of hedgehog C-terminal autoprocessing domain
要素17-HEDGEHOG
キーワードSIGNALING PROTEIN / DEVELOPMENTAL SIGNALING MOLECULE / CHOLESTEROL TRANSFER
機能・相同性
機能・相同性情報


progression of morphogenetic furrow involved in compound eye morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / terminal cell fate specification, open tracheal system / cytoneme assembly / germ cell attraction / wing disc proximal/distal pattern formation / labial disc development / regulation of cell proliferation involved in compound eye morphogenesis / Bolwig's organ morphogenesis / Release of Hh-Np from the secreting cell ...progression of morphogenetic furrow involved in compound eye morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / terminal cell fate specification, open tracheal system / cytoneme assembly / germ cell attraction / wing disc proximal/distal pattern formation / labial disc development / regulation of cell proliferation involved in compound eye morphogenesis / Bolwig's organ morphogenesis / Release of Hh-Np from the secreting cell / Ligand-receptor interactions / leg disc morphogenesis / Formation and transport of the N-HH ligand / regulation of epithelial cell migration, open tracheal system / morphogenesis of larval imaginal disc epithelium / cell-cell signaling involved in cell fate commitment / Assembly of the 'signalling complexes' / gonadal mesoderm development / compound eye photoreceptor cell differentiation / wing disc pattern formation / Hedgehog ligand biogenesis / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / imaginal disc growth / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / epithelial cell migration, open tracheal system / trunk segmentation / heart formation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / compound eye morphogenesis / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation / morphogen activity / mucosal immune response / hindgut morphogenesis / segment polarity determination / ventral midline development / foregut morphogenesis / cholesterol-protein transferase activity / imaginal disc-derived wing morphogenesis / compartment pattern specification / glial cell migration / developmental pigmentation / patched binding / self proteolysis / germ cell migration / embryonic pattern specification / intein-mediated protein splicing / positive regulation of protein localization to cell surface / cell fate specification / smoothened signaling pathway / positive regulation of neuroblast proliferation / protein autoprocessing / endocytic vesicle / epidermis development / regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of proteolysis / heart development / peptidase activity / cytoplasmic vesicle / regulation of gene expression / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / endosome / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal ...Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hall, T.M.T. / Porter, J.A. / Young, K.E. / Koonin, E.V. / Beachy, P.A. / Leahy, D.J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of a Hedgehog autoprocessing domain: homology between Hedgehog and self-splicing proteins.
著者: Hall, T.M. / Porter, J.A. / Young, K.E. / Koonin, E.V. / Beachy, P.A. / Leahy, D.J.
履歴
登録1997年8月15日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年9月13日Group: Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.process_site / _refine.pdbx_method_to_determine_struct

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 17-HEDGEHOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9861
ポリマ－15,9861
非ポリマー00
水2,270126
1
A: 17-HEDGEHOG

A: 17-HEDGEHOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9722
ポリマ－31,9722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_556-x+1/2,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)101.540, 101.540, 101.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 17-HEDGEHOG


分子量: 15985.778 Da / 分子数: 1 / 断片: 17-KDA FRAGMENT OF C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
細胞株: B834 / プラスミド: PRSET B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q02936
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
解説: DATA WERE COLLECTED AT 0.9919, 0.9793, 0.9791, AND 0.9686 ANGSTROM. VALUES FOR DATA COLLECTION AND DATA QUALITY ARE FOR 0.9919.
結晶化pH: 5.8
詳細: 20% PEG 3350, 80 mM AMMONIUM SULFATE, 10 mM SODIUM CACODYLATE pH 5.8
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.4 mg/mlHh-C171drop
21.4 mMbeta-mercaptoethanol1drop
320 %PEG33501reservoir
480 mMammonium sulfate1reservoir
510 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9919
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 26790 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.3 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.529 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.092

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.0077 / 交差検証法: ALL BUT LAST ROUND / σ(F): 2 / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1289 10 %RANDOM
Rwork0.2176 ---
obs0.2176 13163 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1744 0 0 126 1870
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.956
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.38
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.135
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.0721.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it32
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.3542
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.5322.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3155 150 9.915 %
Rwork0.2932 1277 -
obs--96.75 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAMCSDX_MOD.PROTOPHCSDX_SE.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.ION
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.IONTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION4PARAM19X.SE
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.2754
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.382
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.135
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 9.9159 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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