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- PDB-6f3g: IRAK4 IN COMPLEX WITH inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f3g
タイトルIRAK4 IN COMPLEX WITH inhibitor
要素(Interleukin-1 receptor-associated kinase 4) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / IRAK4 / kinase / inhibitor / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extrinsic component of plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / JNK cascade / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / kinase activity / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / endosome membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / cell surface / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CJN / Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Xue, Y. / Degorce, S.L. / Robb, G.R. / Ferguson, A.D.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Optimization of permeability in a series of pyrrolotriazine inhibitors of IRAK4.
著者: Degorce, S.L. / Anjum, R. / Dillman, K.S. / Drew, L. / Groombridge, S.D. / Halsall, C.T. / Lenz, E.M. / Lindsay, N.A. / Mayo, M.F. / Pink, J.H. / Robb, G.R. / Scott, J.S. / Stokes, S. / Xue, Y.
履歴
登録2017年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4105
ポリマ－66,7112
非ポリマー6993
水1,27971
1
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6972
ポリマ－33,3961
非ポリマー3011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7133
ポリマ－33,3161
非ポリマー3972
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.512, 110.277, 142.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64


分子量: 33395.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64


分子量: 33315.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-CJN / ~{N}4,~{N}4-dimethyl-~{N}1-(5-propan-2-ylpyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-yl)cyclohexane-1,4-diamine


分子量: 301.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N5
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 50 mM Hepes pH 7.5, 0.02% octylglucoside, 10% glycerol, 0.3 M NaCl, 1 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→74.52 Å / Num. obs: 28440 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 59.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.37→2.73 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.743 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
精密化解像度: 2.37→29.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.864 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.838 / SU R Cruickshank DPI: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.453 / SU Rfree Blow DPI: 0.293 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.297
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.314 1384 4.9 %RANDOM
Rwork0.29 ---
obs0.291 28259 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 72.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.8886 Å20 Å20 Å2
2---16.1122 Å20 Å2
3---8.2237 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→29.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4367 0 102 71 4540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094544HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.136136HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1611SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes131HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes628HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4544HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.38
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion590SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5170SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.46 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3432 160 5.5 %
Rwork0.306 2749 -
all0.308 2909 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4617-2.9104-0.35558.24811.58390-0.1003-0.02730.12560.06230.21610.1147-0.5442-0.2356-0.11570.3040.1520.0283-0.2927-0.1308-0.304-31.5824-9.3698-10.016
22.8997-0.19721.37861.2036-0.46354.34310.06940.16820.0052-0.22770.07450.2722-0.0792-0.4921-0.1440.06330.0947-0.0499-0.09610.0113-0.304-24.9989-31.9946-20.5892
32.29471.6994-0.43432.15540.52672.95160.09020.399-0.38370.14380.1578-0.2020.54360.48-0.24790.08240.0465-0.152-0.29360.029-0.303815.5727-44.5523-8.4317
45.2747-0.69760.59792.035-0.77954.69240.29210.54420.4728-0.1902-0.2522-0.3443-0.54380.5442-0.03990.1691-0.05910.0992-0.19880.0967-0.30410.8399-21.831-18.5412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|164 - A|265 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|266 - A|458 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|164 - B|265 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|266 - B|458 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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