PDB-1ao4: COBALT(III)-PEPLOMYCIN COMPLEX DETERMINED BY NMR STUDIES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ao4

タイトル

COBALT(III)-PEPLOMYCIN COMPLEX DETERMINED BY NMR STUDIES

要素

(0) x 3-O-carbamoyl-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-L-gulopyranose
(1) x AGLYCON OF PEPLOMYCIN
(2) x COBALT (III) ION
(3) x HYDROGEN PEROXIDE

キーワード

INHIBITOR / ANTICANCER DRUGS / PEPLOMYCIN / PEPLEOMYCIN / BLEOMYCIN / DNA / TWO-DIMENSIONAL NMR / SOLUTION STRUCTURES

機能・相同性

COBALT (III) ION / HYDROGEN PEROXIDE / AGLYCON OF PEPLOMYCIN

機能・相同性情報

手法

溶液NMR

データ登録者

Caceres-Cortes, J. / Sugiyama, H. / Ikudome, K. / Saito, I. / Wang, A.H.-J.

引用

ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1997
タイトル: Structures of cobalt(III)-pepleomycin and cobalt(III)-deglycopepleomycin (green forms) determined by NMR studies.
著者: Caceres-Cortes, J. / Sugiyama, H. / Ikudome, K. / Saito, I. / Wang, A.H.

履歴

登録	1997年7月16日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ao4.cif.gz	11.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ao4.ent.gz	7.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ao4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ao4_validation.pdf.gz	469.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ao4_full_validation.pdf.gz	472.9 KB	表示
XML形式データ	1ao4_validation.xml.gz	3.1 KB	表示
CIF形式データ	1ao4_validation.cif.gz	2.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/1ao4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/1ao4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ao2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6y13-d 2ns3-d 2igu-d 7l7a-d 2h8s-d 2mig-d 6vhj-d 5t6t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

ヘテロ分子

1.58 kDa, 0 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 1	minimal energy
代表モデル	モデル #1	minimized average

#1: 多糖

3-O-carbamoyl-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-L-gulopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 385.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

#2: 化合物

ChemComp-PMY / AGLYCON OF PEPLOMYCIN / AGLYCON OF (S)-N1-[3-[(1-PHENYLETHYL)AMINO]-PROPYL]BLEOMYCINAMIDE / デグリコペプレオマイシン

分子量: 1106.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₈H₆₇N₁₇O₁₀S₂

#3: 化合物

ChemComp-3CO / COBALT (III) ION

分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co

#4: 化合物

ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE

分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: method used to determine the structure : NOE-RMD

-
試料調製

詳細	内容: 50mM sodium phosphate, 0.15 M NaCl / 溶媒系: H2O
試料状態	pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 275 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian VXR 500 / 製造業者: Varian / モデル: VXR 500 / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	A.T.Brunger	精密化
SPEDREF			精密化

精密化

ソフトェア番号: 1
詳細: Refinement details can be found in the JRNL citation

代表構造

選択基準: minimized average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: minimal energy / 計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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