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- PDB-1an2: RECOGNITION BY MAX OF ITS COGNATE DNA THROUGH A DIMERIC B/HLH/Z DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1an2
タイトルRECOGNITION BY MAX OF ITS COGNATE DNA THROUGH A DIMERIC B/HLH/Z DOMAIN
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*C P*TP*AP*CP*AP*C)- 3')
  • PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR MAX (TF MAX))
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Mad-Max complex / Myc-Max complex / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / E-box binding / Transcriptional Regulation by E2F6 / MLL1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / protein-DNA complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific ...Mad-Max complex / Myc-Max complex / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / E-box binding / Transcriptional Regulation by E2F6 / MLL1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / protein-DNA complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / dendrite / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein max
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ferre-D'Amare, A.R. / Prendergast, G.C. / Ziff, E.B. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Recognition by Max of its cognate DNA through a dimeric b/HLH/Z domain.
著者: Ferre-D'Amare, A.R. / Prendergast, G.C. / Ziff, E.B. / Burley, S.K.
履歴
登録1996年9月6日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年4月3日Group: Version format compliance
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*C P*TP*AP*CP*AP*C)- 3')
A: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR MAX (TF MAX))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9752
ポリマ－16,9752
非ポリマー00
水00
1
B: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*C P*TP*AP*CP*AP*C)- 3')
A: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR MAX (TF MAX))

B: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*C P*TP*AP*CP*AP*C)- 3')
A: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR MAX (TF MAX))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9504
ポリマ－33,9504
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area7300 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.200, 72.200, 146.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*C P*TP*AP*CP*AP*C)- 3')


分子量: 6752.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR MAX (TF MAX))


分子量: 10222.484 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNA BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / キーワード: FRAGMENT: DNA BINDING DOMAIN / 参照: UniProt: P61244

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 100011
3GLYCEROL11
4KCL11
5MGCL211
6NA CACODYLATE11
7WATER12
8PEG 100012
9GLYCEROL12
10KCL12
11MGCL212
12NA CACODYLATE12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / PH range low: 5.75 / PH range high: 5.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14.5-7.5 %PEG10001reservoir
25-10 %glycerol1reservoir
3100 mM1reservoirKCl
42 mM1reservoirMgCl2
5100 mMsodium cacodylate1reservoir
61
71
81
91
101
111
121

-
データ収集

回折平均測定温度: 258 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1
検出器検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 21448 / Num. obs: 4507 / % possible obs: 85.3 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 61
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 85.3 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / % possible obs: 61 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.9→6 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rwork0.232 -
obs0.232 3916
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数717 448 0 0 1165
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 1
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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