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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ajn | ||||||
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タイトル | PENICILLIN ACYLASE COMPLEXED WITH P-NITROPHENYLACETIC ACID | ||||||
![]() | (PENICILLIN AMIDOHYDROLASE) x 2 | ||||||
![]() | ANTIBIOTIC RESISTANCE / LIGAND INDUCED CONFORMATIONAL CHANGE / HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() penicillin amidase / penicillin amidase activity / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Done, S.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ligand-induced conformational change in penicillin acylase. 著者: Done, S.H. / Brannigan, J.A. / Moody, P.C.E. / Hubbard, R.E. #2: ![]() タイトル: Penicillin Acylase Has a Single-Amino-Acid Catalytic Centre 著者: Duggleby, H.J. / Tolley, S.P. / Hill, C.P. / Dodson, E.J. / Dodson, G. / Moody, P.C. #3: ![]() タイトル: Expression, Purification and Crystallization of Penicillin G Acylase from Escherichia Coli Atcc 11105 著者: Hunt, P.D. / Tolley, S.P. / Ward, R.J. / Hill, C.P. / Dodson, G.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 181.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 458.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 483 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23838.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 62428.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-AAN / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: streak seeded / pH: 7 詳細: CRYSTALLISED FROM 10% PEG 8000, 50MM MOPS, PH 7.2, STREAK SEEDED SOAKED IN 10MM P-NITROPHENYLACETIC ACID, pH 7.0, streak seeded | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.36→26.12 Å / Num. obs: 34348 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 18.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0075 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.47 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 93.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 70944 / Rmerge(I) obs: 0.075 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS TO NATIVE / 解像度: 2.36→26.12 Å / 交差検証法: FREE R / 詳細: ISOMORPHOUS TO NATIVE
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.36→26.12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 34348 / Rfactor all: 0.1525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |