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- PDB-1aj1: NMR STRUCTURE OF THE LANTIBIOTIC ACTAGARDINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aj1
タイトルNMR STRUCTURE OF THE LANTIBIOTIC ACTAGARDINE
要素LANTIBIOTIC ACTAGARDINE
キーワードANTIBIOTIC (抗生物質) / LANTIBIOTIC / ANTIMICROBIAL / BACTERIOCIN (バクテリオシン) / THIOESTER (チオエステル) / TRANSMEMBRANE PORE
機能・相同性cytolysis / defense response to bacterium / signaling receptor binding / ACTAGARDINE / Lantibiotic actagardine
機能・相同性情報
生物種Actinoplanes liguriensis (バクテリア)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, ITERATIVE RELAXATION MATRIX REFINEMENT, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Zimmermann, N. / Jung, G.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1997
タイトル: The three-dimensional solution structure of the lantibiotic murein-biosynthesis-inhibitor actagardine determined by NMR.
著者: Zimmermann, N. / Jung, G.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: The Tetracyclic Lantibiotic Actagardine. 1H-NMR and 13C-NMR Assignments and Revised Primary Structure
著者: Zimmermann, N. / Metzger, J.W. / Jung, G.
履歴
登録1997年5月14日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52019年12月11日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_name_com ...citation / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LANTIBIOTIC ACTAGARDINE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8821
ポリマ－1,8821
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATIONS, BEST RELAXATION MATRIX R- FACTORS
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド LANTIBIOTIC ACTAGARDINE


タイプ: Oligopeptideオリゴペプチド / クラス: LantibioticLantibiotics / 分子量: 1882.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: ACTAGARDINE IS A TRICYCLIC PEPTIDE. POST TRANSLATIONAL MATURATION OF LANTIBIOTICS INVOLVES THE ENZYMIC CONVERSION OF THR AND SER INTO DEHYDRATED AMINO ACIDS AND THE FORMATION OF THIOETHER ...詳細: ACTAGARDINE IS A TRICYCLIC PEPTIDE. POST TRANSLATIONAL MATURATION OF LANTIBIOTICS INVOLVES THE ENZYMIC CONVERSION OF THR AND SER INTO DEHYDRATED AMINO ACIDS AND THE FORMATION OF THIOETHER BONDS WITH CYSTEINE. THE THIOETHER BONDS WITH CYSTEINE RESULT IN THREE RING STRUCTURES. THIS IS FOLLOWED BY MEMBRANE TRANSLOCATION AND CLEAVAGE OF THE MODIFIED PRECURSOR.
由来: (天然) Actinoplanes liguriensis (バクテリア) / 参照: ACTAGARDINE, UniProt: P56650*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: NOESY

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試料調製

試料状態pH: 3.0 / 温度: 296 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX2 600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX2 600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
IRMABOELENS,BONVIN精密化
BRUKER UXNMR UXNMR構造決定
BIOSYM FELIX 2.3構造決定
BIOSYM NMRCHITECT NMRCHITECT構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, ITERATIVE RELAXATION MATRIX REFINEMENT, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATIONS, BEST RELAXATION MATRIX R- FACTORS
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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