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- PDB-1aiz: STRUCTURE OF APO-AZURIN FROM ALCALIGENES DENITRIFICANS AT 1.8 ANG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aiz
タイトルSTRUCTURE OF APO-AZURIN FROM ALCALIGENES DENITRIFICANS AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素AZURIN
キーワードELECTRON TRANSPORT(CADMIUM BINDING)
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Achromobacter denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Baker, E.N. / Anderson, B.F. / Blackwell, K.A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Structure of apo-azurin from Alcaligenes denitrificans at 1.8 A resolution.
著者: Shepard, W.E. / Kingston, R.L. / Anderson, B.F. / Baker, E.N.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1990
タイトル: Copper Coordination Geometry in Azurin Undergoes Minimal Change on Reduction of Copper(II) to Copper(I)
著者: Shepard, W.E.B. / Anderson, B.F. / Lewandoski, D.A. / Norris, G.E. / Baker, E.N.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Structure of Azurin from Alcaligenes Denitrificans: Refinement at 1.8 Angstroms Resolution and Comparison of the Two Crystallographically Independent Molecules
著者: Baker, E.N.
履歴
登録1993年11月11日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AZURIN
B: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6258
ポリマ－28,0162
非ポリマー6096
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area11930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.150, 74.350, 99.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.101, 0.9948, 0.0166), (0.9944, 0.1004, 0.0336), (0.0318, 0.0199, -0.9993)
ベクター: 0.7969, -1.016, 24.391)

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要素

#1: タンパク質 AZURIN


分子量: 14008.003 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Achromobacter denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: P00280
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: interface diffusion
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 Mphosphate11
240 %satammonium sulphate11
314 mg/mlprotein11
480 %satammonium sulfate12

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.168 23349
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1954 0 22 239 2215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0460.046
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0490.049
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it4.24.2
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it6.16.1
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.16.1
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it9.39.3
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0130.013
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1880.188
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1860.186
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2330.233
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1910.191
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.52.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.718.7
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor29.329.3
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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