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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ag6 | ||||||
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タイトル | PLASTOCYANIN FROM SPINACH | ||||||
要素 | PLASTOCYANIN | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / BLUE-COPPER PROTEIN / ELECTRON TRANSFER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast thylakoid membrane / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Spinacia oleracea (ホウレンソウ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Xue, Y. / Okvist, M. / Young, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of spinach plastocyanin at 1.7 A resolution. 著者: Xue, Y. / Okvist, M. / Hansson, O. / Young, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ag6.cif.gz | 31.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ag6.ent.gz | 20.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ag6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ag6_validation.pdf.gz | 362.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ag6_full_validation.pdf.gz | 362.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ag6_validation.xml.gz | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ag6_validation.cif.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/1ag6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/1ag6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1plcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10478.593 Da / 分子数: 1 / 変異: G8D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: THYLAKOID / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P00289 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CU / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.4 / 詳細: pH 4.4 | ||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 12009 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98 |
反射 | *PLUS Num. obs: 11977 / % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PLC 解像度: 1.6→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: X-PLOR (BRUNGER) ALSO WAS USED.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |