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- PDB-1ae1: TROPINONE REDUCTASE-I COMPLEX WITH NADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ae1
タイトルTROPINONE REDUCTASE-I COMPLEX WITH NADP
要素TROPINONE REDUCTASE-I
キーワードOXIDOREDUCTASE / TROPANE ALKALOID BIOSYNTHESIS / REDUCTION OF TROPINONE TO TROPINE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tropinone reductase I / tropine dehydrogenase activity / tropane alkaloid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Tropinone reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Tropinone reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Datura stramonium (シロバナチョウセンアサガオ)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nakajima, K. / Yamashita, A. / Akama, H. / Nakatsu, T. / Kato, H. / Hashimoto, T. / Oda, J. / Yamada, Y.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Crystal structures of two tropinone reductases: different reaction stereospecificities in the same protein fold.
著者: Nakajima, K. / Yamashita, A. / Akama, H. / Nakatsu, T. / Kato, H. / Hashimoto, T. / Oda, J. / Yamada, Y.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Two Tropinone Reductases with Different Stereospecificities are Short-Chain Dehydrogenases Evolved from a Common Ancestor
著者: Nakajima, K. / Hashimoto, T. / Yamada, Y.
履歴
登録1997年10月23日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TROPINONE REDUCTASE-I
B: TROPINONE REDUCTASE-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7834
ポリマ－59,2962
非ポリマー1,4872
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20470 Å2
手法PISA
2
A: TROPINONE REDUCTASE-I
B: TROPINONE REDUCTASE-I
ヘテロ分子

A: TROPINONE REDUCTASE-I
B: TROPINONE REDUCTASE-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,5658
ポリマ－118,5924
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
Buried area18960 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area32400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.740, 122.750, 75.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.91541, -0.40251, -0.00062), (-0.40251, 0.91541, 0.00293), (-0.00062, 0.00293, -1)102.79146, 21.50608, 62.06306
2given(-0.91541, -0.40251, -0.00062), (-0.40251, 0.91541, 0.00293), (-0.00062, 0.00293, -1)102.79146, 21.50608, 62.06306

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要素

#1: タンパク質 TROPINONE REDUCTASE-I


分子量: 29647.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Datura stramonium (シロバナチョウセンアサガオ)
細胞株: BL21 / 器官: CULTURED ROOT / プラスミド: PETTR1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P50162, tropinone reductase II
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19 mg/mlprotein1drop
25 mMTris-HCl1drop
38 mMNADP+1drop
42 mMdithiothreitol1drop
550 mMsodium citrate1reservoir
616-20 %(v/v)PEG10001reservoir
70.18-0.20 Mmagnesium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月22日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→122.5 Å / Num. obs: 19708 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 30.48
反射 シェル解像度: 2.38→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 83.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 65888

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.1精密化
PROCESSデータ削減
PROCESSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 928 5 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.155 19071 89.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3847 0 96 98 4041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.974
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.73
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.72
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 93 5 %
Rwork0.193 2049 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 18143
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.73
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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