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- PDB-1adz: THE SOLUTION STRUCTURE OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF TISSUE FACT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1adz
タイトルTHE SOLUTION STRUCTURE OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR, NMR, 30 STRUCTURES
要素TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR
キーワードHYDROLASE / INHIBITOR / COAGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of blood coagulation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / cellular response to steroid hormone stimulus / endopeptidase inhibitor activity / side of membrane / serine-type endopeptidase inhibitor activity / caveola / blood coagulation / cell surface / endoplasmic reticulum ...negative regulation of blood coagulation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / cellular response to steroid hormone stimulus / endopeptidase inhibitor activity / side of membrane / serine-type endopeptidase inhibitor activity / caveola / blood coagulation / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tissue factor pathway inhibitor-like / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. ...Tissue factor pathway inhibitor-like / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Tissue factor pathway inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DIANA
データ登録者Burgering, M.J.M. / Orbons, L.P.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: The second Kunitz domain of human tissue factor pathway inhibitor: cloning, structure determination and interaction with factor Xa.
著者: Burgering, M.J. / Orbons, L.P. / van der Doelen, A. / Mulders, J. / Theunissen, H.J. / Grootenhuis, P.D. / Bode, W. / Huber, R. / Stubbs, M.T.
#1: ジャーナル: Curr.Pharm.Des. / 年: 1996
タイトル: Structural Aspects of Factor Xa Inhibition
著者: Stubbs II, M.T.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: X-Ray Structure of Active Site-Inhibited Clotting Factor Xa. Implications for Drug Design and Substrate Recognition
著者: Brandstetter, H. / Kuhne, A. / Bode, W. / Huber, R. / Von Der Saal, W. / Wirthensohn, K. / Engh, R.A.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1996
タイトル: The Ornithodorin-Thrombin Crystal Structure, a Key to the Tap Enigma?
著者: Van De Locht, A. / Stubbs, M.T. / Bode, W. / Friedrich, T. / Bollschweiler, C. / Hoffken, W. / Huber, R.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Crystal Structures of Factor Xa Specific Inhibitors in Complex with Trypsin: Structural Grounds for Inhibition of Factor Xa and Selectivity Against Thrombin
著者: Stubbs, M.T. / Huber, R. / Bode, W.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Structure of Human Des(1-45) Factor Xa at 2.2 A Resolution
著者: Padmanabhan, K. / Padmanabhan, K.P. / Tulinsky, A. / Park, C.H. / Bode, W. / Huber, R. / Blankenship, D.T. / Cardin, A.D. / Kisiel, W.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Determination of a High-Quality Nuclear Magnetic Resonance Solution Structure of the Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor and Comparison with Three Crystal Structures
著者: Berndt, K.D. / Guntert, P. / Orbons, L.P. / Wuthrich, K.
履歴
登録1997年2月19日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3791
ポリマ－8,3791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 300LOWEST VALUE OF VARIABLE TARGET FUNCTION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR / TFPI / EPI / LACI


分子量: 8379.239 Da / 分子数: 1 / 断片: FACTOR XA-BINDING DOMAIN (DOMAIN II) / 変異: N-TERMINAL INS(DYKDDDDKL) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD / 器官: BLOOD / プラスミド: PFLAG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JE5505 / 参照: UniProt: P10646
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HOMONUCLEAR NOESY
121COSY
131TOCSY

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試料調製

試料状態pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DIANAGUNTERT,WUTHRICH精密化
TRIAD NMR FROM TRIPOSTRIPOS構造決定
精密化手法: DIANA / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE DIANA PROGRAM BUT WERE NOT FURTHER REFINED USING A FORCE FIELD AND ENERGY MINIMIZATION AND/OR MOLECULAR DYNAMICS CALCULATIONS
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST VALUE OF VARIABLE TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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