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- PDB-1acf: ACANTHAMOEBA CASTELLANII PROFILIN IB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1acf
タイトルACANTHAMOEBA CASTELLANII PROFILIN IB
要素PROFILIN Iプロフィリン
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / PROTEIN BINDING (タンパク質) / PROFILIN (プロフィリン) / ACTIN-BINDING PROTEIN (アクチン結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


sequestering of actin monomers / actin monomer binding / マイクロフィラメント / actin binding / 細胞皮質 / actin cytoskeleton organization / 細胞骨格 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Profilin conserved site / Profilin signature. / プロフィリン / プロフィリン / プロフィリン / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Β-ラクタマーゼ / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Profilin-1A / Profilin-1B
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Magnus, K.A. / Graupe, M.H. / Lattman, E.E. / Pollard, T.D. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: X-ray structures of isoforms of the actin-binding protein profilin that differ in their affinity for phosphatidylinositol phosphates.
著者: Fedorov, A.A. / Magnus, K.A. / Graupe, M.H. / Lattman, E.E. / Pollard, T.D. / Almo, S.C.
履歴
登録1994年7月29日処理サイト: BNL
改定 1.01994年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 700SHEET THE SEVEN-STRANDED SHEET S1 DESCRIBED BELOW IS A SEVEN-STRANDED INCOMPLETE ANTIPARALLEL UP- ...SHEET THE SEVEN-STRANDED SHEET S1 DESCRIBED BELOW IS A SEVEN-STRANDED INCOMPLETE ANTIPARALLEL UP-AND-DOWN BETA BARREL. TWO STRANDS HAVE BETA-BULGES: LEU 70, ARG 71 AND TRP 29, ALA 30.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROFILIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8491
ポリマ－12,8491
非ポリマー00
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.031, 31.631, 33.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PROFILIN I / プロフィリン


分子量: 12849.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
参照: UniProt: P68696, UniProt: Q95VF7*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE USED IN THIS ENTRY WAS DERIVED FROM THAT OF POLLARD AND RIMM, CELL MOTILITY AND THE ...THE SEQUENCE USED IN THIS ENTRY WAS DERIVED FROM THAT OF POLLARD AND RIMM, CELL MOTILITY AND THE CYTOSKELETON, VOL. 20, 169-177, 1991. SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: PRO1_ACACA SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE THR 1 SER 1 SER 4 THR 4 SER 31 THR 31 PHE 32 SER 32 SER 58 GLY 58 ALA 83 SER 83 ALA 84 SER 84

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.74 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMTris1drop
240 mM1dropKCl
35-10 mg/mlprotein1drop
41.1-1.8 M1reservoirLi2SO4
5100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

反射Num. obs: 5974 / % possible obs: 80.2 % / Observed criterion σ(I): 2
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 23.4 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROFFT精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.179 -
obs0.179 5908
原子変位パラメータBiso mean: 13.6 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数908 0 0 64 972
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.0562
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.3893
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.4583
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.050.052

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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