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- PDB-1a9n: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SPLICEOSOMAL U2B''-U2A' PROTEIN COMPLEX ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a9n
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE SPLICEOSOMAL U2B''-U2A' PROTEIN COMPLEX BOUND TO A FRAGMENT OF U2 SMALL NUCLEAR RNA
要素
  • RNA (5'-R(*CP*CP*UP*GP*GP*UP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*GP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*CP*AP*GP* GP*U)-3')
  • SPLICEOSOMAL U2B''
  • U2A'
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / COMPLEX (NUCLEAR PROTEIN-RNA) / RNA / SNRNP / RIBONUCLEOPROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


small nuclear ribonucleoprotein complex / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U2 snRNP / U1 snRNP / U2 snRNA binding / U1 snRNA binding / catalytic step 2 spliceosome ...small nuclear ribonucleoprotein complex / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U2 snRNP / U1 snRNP / U2 snRNA binding / U1 snRNA binding / catalytic step 2 spliceosome / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / fibrillar center / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / spermatogenesis / nuclear body / nuclear speck / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 1 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / RRM (RNA recognition motif) domain / Leucine-rich repeat profile. ...U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 1 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / RRM (RNA recognition motif) domain / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Leucine-rich repeat domain superfamily / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Price, S.R. / Evans, P.R. / Nagai, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the spliceosomal U2B"-U2A' protein complex bound to a fragment of U2 small nuclear RNA.
著者: Price, S.R. / Evans, P.R. / Nagai, K.
履歴
登録1998年4月8日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Q: RNA (5'-R(*CP*CP*UP*GP*GP*UP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*GP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*CP*AP*GP* GP*U)-3')
R: RNA (5'-R(*CP*CP*UP*GP*GP*UP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*GP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*CP*AP*GP* GP*U)-3')
A: U2A'
C: U2A'
B: SPLICEOSOMAL U2B''
D: SPLICEOSOMAL U2B''


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9966
ポリマ－77,9966
非ポリマー00
水00
1
Q: RNA (5'-R(*CP*CP*UP*GP*GP*UP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*GP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*CP*AP*GP* GP*U)-3')
A: U2A'
B: SPLICEOSOMAL U2B''


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9983
ポリマ－38,9983
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
R: RNA (5'-R(*CP*CP*UP*GP*GP*UP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*GP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*CP*AP*GP* GP*U)-3')
C: U2A'
D: SPLICEOSOMAL U2B''


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9983
ポリマ－38,9983
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.370, 128.240, 66.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.902213, -0.022157, -0.430722), (0.083146, -0.97101, 0.224112), (-0.423201, -0.23801, -0.874215)17.155, -23.71, 69.781
2given(0.876212, 0.1497, -0.458085), (0.035702, -0.968083, -0.248076), (-0.480601, 0.201013, -0.85359)18.27396, -24.52502, 70.57467
3given(0.905594, 0.085398, -0.41546), (-0.01754, -0.971143, -0.237851), (-0.423783, 0.222683, -0.877963)17.08585, -23.77819, 69.50339

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*UP*GP*GP*UP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*GP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*CP*AP*GP* GP*U)-3')


分子量: 7622.534 Da / 分子数: 2 / 断片: U2 HAIRPIN IV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 U2A' / U2A'


分子量: 20226.555 Da / 分子数: 2
断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1 - 176 OF U2 A', A COMPONENT OF U2 SNRNP
Mutation: C89D, S119C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: CDNA CLONE; / プラスミド: PET3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
キーワード: RESIDUES 1 - 176 OF U2 A', WHICH IS A COMPONENT OF U2 SNRNP
参照: UniProt: P09661
#3: タンパク質 SPLICEOSOMAL U2B'' / SPLICEOSOMAL U2B''


分子量: 11149.093 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 4 - 99 OF U2 B'', A COMPONENT OF U2 SNRNP / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: CDNA CLONE / プラスミド: PET3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
キーワード: RESIDUES 4 - 99 OF U2 B'', WHICH IS A COMPONENT OF U2 SNRNP
参照: UniProt: P08579
Has protein modificationY
配列の詳細THE NUMBERING USED IN CHAINS B, D, Q, AND R IS CHOSEN TO CORRESPOND TO THE HOMOLOGOUS U1A FOUND IN ...THE NUMBERING USED IN CHAINS B, D, Q, AND R IS CHOSEN TO CORRESPOND TO THE HOMOLOGOUS U1A FOUND IN PDB ENTRY 1URN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化pH: 7.3
詳細: 50MM NACL, 9MM MGCL2, 0.25 MM SPERMINE, 0.25% N-OCTYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE, 50MM TRIS-CL PH 7.3, 1% PEG600
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NACL11
2MGCL211
3SPERMINE11
4N-OCTYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE11
5TRIS11
6PEG 60011
7TRIS12
8PEG 60012
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mM1reservoirNaCl
29 mg/ml1reservoirMgCl2
30.25 mMspermine1reservoir
40.25 %n-octyl-beta-D-glucopyranoside1reservoir
550 mMTris-Cl1reservoir
61 %PEG6001reservoir
71
81

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.38→25.9 Å / Num. obs: 32587 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.38→2.51 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.236 / % possible all: 95
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2.38→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.328 1647 5 %RANDOM
Rwork0.282 ---
all-32138 --
obs-32138 95.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2---3.2 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4182 1006 0 0 5188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0330.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.63
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.96
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.44
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.96
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.00180.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1130.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1890.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2530.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.27
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor2015
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor21.920
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.282
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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