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- PDB-1a98: XPRTASE FROM E. COLI COMPLEXED WITH GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a98
タイトルXPRTASE FROM E. COLI COMPLEXED WITH GMP
要素XANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
キーワードPHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / TRANSFERASE / PURINE SALVAGE ENZYME / GLYCOSYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / guanosine tetraphosphate binding / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの ...xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / guanosine tetraphosphate binding / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / protein homotetramerization / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Xanthine-guanine phosphoribosyltransferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xanthine-guanine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / MOLECULAR REPLACEMENT MOLECULAR REPLACEMENT / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Vos, S. / Parry, R.J. / Burns, M.R. / De Jersey, J. / Martin, J.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structures of free and complexed forms of Escherichia coli xanthine-guanine phosphoribosyltransferase.
著者: Vos, S. / Parry, R.J. / Burns, M.R. / de Jersey, J. / Martin, J.L.
履歴
登録1998年4月16日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月2日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
B: XANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9192
ポリマ－33,9192
非ポリマー00
水1,18966
1
A: XANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
B: XANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE

A: XANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
B: XANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8384
ポリマ－67,8384
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area9690 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area20190 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.166, 70.927, 54.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 XANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / XPRT


分子量: 16959.502 Da / 分子数: 2 / 変異: C59A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: HB101 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: GPT / プラスミド: PT7-7 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / Culture collection (発現宿主): ATCC 87050 / 遺伝子 (発現宿主): GPT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SPHI606 / 参照: UniProt: P0A9M5, xanthine phosphoribosyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 8
詳細: XPRT WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG4000 IN 0.1 M TRIS-HCL, pH 8.0
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 %PEG40001reservoir
20.1 MTris-HCl1reservoirpH8.0
320 mg/mlprotein1drop
450 mMTris-HCl1droppH7.6
510 mM1dropMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→60 Å / Num. obs: 11089 / % possible obs: 79.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.172 / % possible all: 66.9
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 16902 / Rmerge(I) obs: 0.037
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.9 % / Rmerge(I) obs: 0.172

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
PROCESS(HIGASHI)データ削減
PROCESS(HIGASHI)データスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: MOLECULAR REPLACEMENT MOLECULAR REPLACEMENT
開始モデル: PDB ENTRY 1NUL

1nul


解像度: 2.25→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 573 5.2 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 11083 79.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1900 0 0 66 1966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.441.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.532
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.852.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 73 4.6 %
Rwork0.308 1520 -
obs--68 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3CIS_PEP.PARCIS_PEP.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rfree: 0.224 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.075
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.02
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.326 / Rfactor Rwork: 0.308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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