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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a72 | ||||||
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タイトル | AN ACTIVE-SITE DOUBLE MUTANT (PHE93->TRP, VAL203->ALA) OF HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH THE ISOSTERIC NAD ANALOG CPAD | ||||||
![]() | HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE (NAD(A)-CHOH(D)) / ACTIVE SITE MUTANT / LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE / ISOSTERIC NAD INHIBITORS | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Colby, T.D. / Bahnson, B.J. / Chin, J.K. / Klinman, J.P. / Goldstein, B.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Active site modifications in a double mutant of liver alcohol dehydrogenase: structural studies of two enzyme-ligand complexes. 著者: Colby, T.D. / Bahnson, B.J. / Chin, J.K. / Klinman, J.P. / Goldstein, B.M. #1: ![]() タイトル: A Link between Protein Structure and Enzyme Catalyzed Hydrogen Tunneling 著者: Bahnson, B.J. / Colby, T.D. / Chin, J.K. / Goldstein, B.M. / Klinman, J.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 700.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 714.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39864.258 Da / 分子数: 1 / 変異: F93W, V203A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PAD / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.82 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: CRYSTALS GROWN FROM 4 MICROLITER HANGING DROPS OF 10MG/ML PROTEIN IN 50 MM TRIS BUFFER (PH8.4 @4C) 4% (V/V) ETOH EQUILIBRATED AT 4C WITH WELLS CONTAINING 11-13% ETOH, vapor diffusion - ...詳細: CRYSTALS GROWN FROM 4 MICROLITER HANGING DROPS OF 10MG/ML PROTEIN IN 50 MM TRIS BUFFER (PH8.4 @4C) 4% (V/V) ETOH EQUILIBRATED AT 4C WITH WELLS CONTAINING 11-13% ETOH, vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 275 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→22 Å / Num. obs: 10388 / % possible obs: 76.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2.56→2.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 43 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 16939 / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 43 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 8ADH 解像度: 2.6→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 2 詳細: RFREE FIGURE BELONGS TO SA OMIT PROCEDURE USED TO CONFIRM FIT OF LIGAND. THIS RFREE DESCRIBES A MODEL NOT CONTAINING SOLVENT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.36 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.234 |