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- PDB-1a6t: FAB FRAGMENT OF MAB1-IA MONOCLONAL ANTIBODY TO HUMAN RHINOVIRUS 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a6t
タイトルFAB FRAGMENT OF MAB1-IA MONOCLONAL ANTIBODY TO HUMAN RHINOVIRUS 14 NIM-IA SITE
要素
  • IGG1 FAB1-IA FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG1 FAB1-IA FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN / NEUTRALIZES HUMAN RHINOVIRUS / IGG1
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Che, Z. / Smith, T.J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 1998
タイトル: Antibody-mediated neutralization of human rhinovirus 14 explored by means of cryoelectron microscopy and X-ray crystallography of virus-Fab complexes.
著者: Che, Z. / Olson, N.H. / Leippe, D. / Lee, W.M. / Mosser, A.G. / Rueckert, R.R. / Baker, T.S. / Smith, T.J.
履歴
登録1998年3月3日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGG1 FAB1-IA FAB (LIGHT CHAIN)
B: IGG1 FAB1-IA FAB (HEAVY CHAIN)
C: IGG1 FAB1-IA FAB (LIGHT CHAIN)
D: IGG1 FAB1-IA FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9844
ポリマ－91,9844
非ポリマー00
水00
1
A: IGG1 FAB1-IA FAB (LIGHT CHAIN)
B: IGG1 FAB1-IA FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9922
ポリマ－45,9922
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
2
C: IGG1 FAB1-IA FAB (LIGHT CHAIN)
D: IGG1 FAB1-IA FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9922
ポリマ－45,9922
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.170, 135.950, 81.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細THERE ARE TWO FABS IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE LIGHT AND HEAVY CHAINS ARE CALLED A AND B, RESPECTIVELY, FOR THE FIRST AND C AND D FOR THE SECOND.

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要素

#1: 抗体 IGG1 FAB1-IA FAB (LIGHT CHAIN) / IGG1 IMMUNOGLOBULIN


分子量: 22697.986 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MONOCLONAL ANTIBODY / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: PIR: S25058
#2: 抗体 IGG1 FAB1-IA FAB (HEAVY CHAIN) / IGG1 IMMUNOGLOBULIN


分子量: 23294.027 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MONOCLONAL ANTIBODY / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: PIR: S38950
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: SITTING DROP METHOD USING 18-22% PEG8000, 0.1 M SODIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 6.0), AND 1% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL WITH AN FAB1 CONCENTRATION OF 18 MG/ML., vapor diffusion - sitting drop
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118 mg/mlFab11drop
218-22 %PEG80001reservoir
30.1 Msodium phosphate1reservoir
41 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 29406 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 3700
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 581 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 89.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FOR

1for


解像度: 2.7→6 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: STILL BEING REFINED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 2602 9 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.169 28915 93.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7942 0 0 314 8256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.87
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.81 Å / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 92 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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