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万見
- PDB-1a6a: THE STRUCTURE OF AN INTERMEDIATE IN CLASS II MHC MATURATION: CLIP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a6a
タイトルTHE STRUCTURE OF AN INTERMEDIATE IN CLASS II MHC MATURATION: CLIP BOUND TO HLA-DR3
要素
  • HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
  • HLA class II histocompatibility antigen, DR-1 beta chain
  • HLA class II histocompatibility antigen, gamma chain
キーワードCOMPLEX (TRANSMEMBRANE/GLYCOPROTEIN) / MHC GLYCOPROTEIN / COMPLEX (TRANSMEMBRANE-GLYCOPROTEIN) / COMPLEX (TRANSMEMBRANE-GLYCOPROTEIN) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / macrophage migration inhibitory factor binding / negative regulation of T cell differentiation / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / protein trimerization ...negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / macrophage migration inhibitory factor binding / negative regulation of T cell differentiation / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / protein trimerization / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / regulation of interleukin-4 production / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / T cell activation involved in immune response / T cell selection / positive regulation of type 2 immune response / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / host-mediated suppression of symbiont invasion / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / negative thymic T cell selection / MHC class II protein binding / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / negative regulation of mature B cell apoptotic process / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of kinase activity / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of monocyte differentiation / positive thymic T cell selection / inflammatory response to antigenic stimulus / vacuole / CD4 receptor binding / cytokine receptor activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / intermediate filament / prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of macrophage cytokine production / T-helper 1 type immune response / positive regulation of T cell differentiation / transport vesicle membrane / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of macrophage activation / antigen processing and presentation / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / cytokine binding / nitric-oxide synthase binding / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / polysaccharide binding / negative regulation of type II interferon production / : / immunoglobulin mediated immune response / humoral immune response / macrophage differentiation / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / epidermis development / response to type II interferon / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / detection of bacterium / T cell receptor binding / positive regulation of chemokine production / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / multivesicular body / protein folding chaperone / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen / negative regulation of cell migration / trans-Golgi network membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of interleukin-8 production / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / intracellular protein transport / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of interleukin-6 production / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cognition / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of fibroblast proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding
類似検索 - 分子機能
MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 ...MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen gamma chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Ghosh, P. / Amaya, M. / Mellins, E. / Wiley, D.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: The structure of an intermediate in class II MHC maturation: CLIP bound to HLA-DR3.
著者: Ghosh, P. / Amaya, M. / Mellins, E. / Wiley, D.C.
履歴
登録1998年2月22日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月2日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DR-1 beta chain
C: HLA class II histocompatibility antigen, gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5235
ポリマ－44,0813
非ポリマー4422
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7340 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area17990 Å2
手法PISA
2
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DR-1 beta chain
C: HLA class II histocompatibility antigen, gamma chain
ヘテロ分子

A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DR-1 beta chain
C: HLA class II histocompatibility antigen, gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,04610
ポリマ－88,1616
非ポリマー8854
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area17000 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area33650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.450, 78.450, 159.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain


分子量: 20469.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株: 9.5.3 / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR-1 beta chain


分子量: 21935.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株: 9.5.3 / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / 参照: UniProt: P01912, UniProt: P01911*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド HLA class II histocompatibility antigen, gamma chain


分子量: 1676.118 Da / 分子数: 1 / Fragment: CLIP FRAGMENT 87 - 101 OF INVARIANT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株: 9.5.3 / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / 参照: UniProt: P04233
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 4.5
詳細: 12% PEG 4K, 100 MM MGCL2, 100 MM ACETATE BUFFER, PH 4.5
結晶化
*PLUS
手法: unknown
詳細: conditions similar to: Gorga, J.C., (1991) Res. Immun., 142, 401.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 %PEG400011
2100 mM11MgCl2
3100 mMacetate11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年7月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→15 Å / Num. obs: 14428 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.75→3 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.2
反射
*PLUS
Num. obs: 13021
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
ROTAVATA/AGROVATAデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DLH

1dlh


解像度: 2.75→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESIDUES 5 - 180 OF THE ALPHA SUBUNIT AND RESIDUES 5 - 191 OF THE BETA SUBUNIT ARE CLEARLY VISIBLE IN 2FO-FC ELECTRON DENSITY MAPS. THREE SMALL BREAKS IN MAIN-CHAIN DENSITY OCCUR IN LOOP ...詳細: RESIDUES 5 - 180 OF THE ALPHA SUBUNIT AND RESIDUES 5 - 191 OF THE BETA SUBUNIT ARE CLEARLY VISIBLE IN 2FO-FC ELECTRON DENSITY MAPS. THREE SMALL BREAKS IN MAIN-CHAIN DENSITY OCCUR IN LOOP REGIONS OF THE BETA 2 DOMAIN (AT BETA 109, 172, AND 189).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.325 1323 10.1 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.246 13095 97.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10 Å2-10 Å20 Å2
2---10 Å20 Å2
3---10 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.72 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3108 0 28 22 3158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.31
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.533
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.984
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.524
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it9.356
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.444 162 10.1 %
Rwork0.373 1442 -
obs--96.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM3_MOD.CHOTOPH3.CHO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.31
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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