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- PDB-1a4p: P11 (S100A10), LIGAND OF ANNEXIN II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a4p
タイトルP11 (S100A10), LIGAND OF ANNEXIN II
要素S100A10
キーワードCALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN / S100 FAMILY / EF-HAND PROTEIN / LIGAND OF ANNEXIN II / CALCIUM-PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


AnxA2-p11 complex / membrane raft assembly / positive regulation of plasma membrane repair / positive regulation of plasminogen activation / vesicle budding from membrane / plasma membrane protein complex / Dissolution of Fibrin Clot / positive regulation of exocytosis / regulation of neurogenesis / positive regulation of focal adhesion assembly ...AnxA2-p11 complex / membrane raft assembly / positive regulation of plasma membrane repair / positive regulation of plasminogen activation / vesicle budding from membrane / plasma membrane protein complex / Dissolution of Fibrin Clot / positive regulation of exocytosis / regulation of neurogenesis / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of GTPase activity / protein localization to plasma membrane / mRNA transcription by RNA polymerase II / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear matrix / calcium-dependent protein binding / : / transmembrane transporter binding / calcium ion binding / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein S100-A10 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Rety, S. / Sopkova, J. / Renouard, M. / Osterloh, D. / Gerke, V. / Russo-Marie, F. / Lewit-Bentley, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of a complex of p11 with the annexin II N-terminal peptide.
著者: Rety, S. / Sopkova, J. / Renouard, M. / Osterloh, D. / Gerke, V. / Tabaries, S. / Russo-Marie, F. / Lewit-Bentley, A.
履歴
登録1998年1月30日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S100A10
B: S100A10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1782
ポリマ－22,1782
非ポリマー00
水1,13563
1
A: S100A10
B: S100A10

A: S100A10
B: S100A10

A: S100A10
B: S100A10

A: S100A10
B: S100A10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7128
ポリマ－88,7128
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area16650 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area38210 Å2
手法PISA
2
A: S100A10

A: S100A10

A: S100A10

A: S100A10

B: S100A10

B: S100A10

B: S100A10

B: S100A10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7128
ポリマ－88,7128
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_865-x+3,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_856-x+3,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation4_666x+1,-y+1,-z+11
Buried area18200 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area36670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.750, 80.750, 95.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.85907, -0.47311, -0.19537), (0.47068, -0.88014, 0.06174), (-0.20116, -0.03892, 0.97878)
ベクター: 146.39342, 87.33656, 15.64443)

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要素

#1: タンパク質 S100A10 / P11 / CALPACTIN LIGHT CHAIN


分子量: 11088.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET23A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P60903
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 15 MG/ML PROTEIN WERE CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION AGAINST 20% PEG 4000, 10% 2-PROPANOL, 100MM HEPES, PH=7.5, vapor diffusion
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: drop:reservoir=1:1
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMNa acetate1drop
2250 mM1dropNaCl
31 mM1dropNaN3
41 mMdithiothreitol1drop
520 %PEG40001reservoir
610 %2-propanol1reservoir
7100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 280 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: D41A / 波長: 1.37
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月18日 / 詳細: FOCUSSING MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.37 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→62 Å / Num. obs: 10769 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.15 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.168 / % possible all: 97.1
反射
*PLUS
Num. obs: 10957 / Num. measured all: 67368 / Rmerge(I) obs: 0.032
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.1 % / Rmerge(I) obs: 0.168

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.25→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 1075 10 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.246 9679 98.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 20 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1475 0 0 63 1538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0380.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.9112
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.0813
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.193
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0090.015
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1830.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2710.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2120.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.77
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor23.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor25.320
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.246 / Rfactor obs: 0.227
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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