[日本語] English
万見
- PDB-1a4j: DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a4j
タイトルDIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR
要素
  • IMMUNOGLOBULIN, DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY (HEAVY CHAIN)
  • IMMUNOGLOBULIN, DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN / ANTIBODY / CATALYTIC ANTIBODY / DIELS ALDER / GERMLINE
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Spiller, B.W. / Romesburg, F.E. / Schultz, P.G. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Immunological origins of binding and catalysis in a Diels-Alderase antibody.
著者: Romesberg, F.E. / Spiller, B. / Schultz, P.G. / Stevens, R.C.
履歴
登録1998年1月30日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: IMMUNOGLOBULIN, DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
H: IMMUNOGLOBULIN, DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY (HEAVY CHAIN)
A: IMMUNOGLOBULIN, DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
B: IMMUNOGLOBULIN, DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6004
ポリマ－94,6004
非ポリマー00
水4,756264
1
L: IMMUNOGLOBULIN, DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
H: IMMUNOGLOBULIN, DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3002
ポリマ－47,3002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20290 Å2
手法PISA
2
A: IMMUNOGLOBULIN, DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
B: IMMUNOGLOBULIN, DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3002
ポリマ－47,3002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.900, 49.330, 145.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN, DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY (LIGHT CHAIN)


分子量: 23706.475 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 細胞株: 25F2 / プラスミド: P4XH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 25F2 / 参照: UniProt: P01834
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN, DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY (HEAVY CHAIN)


分子量: 23593.459 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 細胞株: 25F2 / プラスミド: P4XH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 25F2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化pH: 6
詳細: 19% PEG 8K, 20% GLYCEROL, 200MM MG(CH3COO)2, 10MM CDS04 100MM BISTRIS PH 6.0
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
3100 mM1dropNaCl
41 mMmethionine1drop
519 %PEG1reservoir
620 %glycerol1reservoir
7200 mMmagnesium acetate1reservoir
8100 mMBis-Tris1reservoir
910 mM1reservoirCdSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 / 詳細: WIGGLER
放射モノクロメーター: MONOCHROMATOR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 63217 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 95.4
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.4 % / Rmerge(I) obs: 0.27

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A4K

1a4k


解像度: 2.1→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 4197 10 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 49380 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6902 0 2 274 7178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.383
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d30.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.749
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 473 10 %
Rwork0.245 4049 -
obs--95.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PR
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg30.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.749
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.245

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る