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- PDB-1a4e: CATALASE A FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a4e
タイトルCATALASE A FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
要素CATALASE A
キーワードOXIDOREDUCTASE / CATALASE / PEROXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Peroxisomal protein import / Detoxification of Reactive Oxygen Species / catalase / catalase activity / peroxisomal matrix / Neutrophil degranulation / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / peroxisome ...Peroxisomal protein import / Detoxification of Reactive Oxygen Species / catalase / catalase activity / peroxisomal matrix / Neutrophil degranulation / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / peroxisome / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. ...Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Peroxisomal catalase A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mate, M.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure of catalase-A from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Mate, M.J. / Zamocky, M. / Nykyri, L.M. / Herzog, C. / Alzari, P.M. / Betzel, C. / Koller, F. / Fita, I.
履歴
登録1998年1月29日処理サイト: BNL
改定 1.01999年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATALASE A
B: CATALASE A
C: CATALASE A
D: CATALASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,32214
ポリマ－222,4964
非ポリマー2,82610
水17,240957
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area47440 Å2
ΔGint-332 kcal/mol
Surface area56840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.172, 184.172, 304.977
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.4302, -0.3362, -0.8378), (-0.3438, -0.7971, 0.4964), (-0.8347, 0.5015, 0.2273)206.6273, 63.0117, 115.1995
2given(-0.9998, 0.02, -0.0081), (0.0201, 0.7208, -0.6929), (-0.008, -0.6929, -0.721)238.117, 27.6432, 75.6976
3given(0.429, 0.3223, 0.8438), (0.3212, -0.9275, 0.191), (0.8443, 0.1891, -0.5015)31.9415, -2.8987, -52.8178

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要素

#1: タンパク質
CATALASE A


分子量: 55623.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞内の位置: PEROXISOMES / 参照: UniProt: P15202, catalase
#2: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 957 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.5 Mammonium sulfate1drop
20.2 MTris1drop
328 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / タイプ: EMBL/DESY, HAMBURG / 波長: 0.928
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年2月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 123230 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 33.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 25.12
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 5.69 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 94.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 1276062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 7CAT

7cat


解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 11084 10 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.154 110950 93.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15724 0 188 960 16872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.641.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.552
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.142
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.612.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 1106 10 %
Rwork0.239 9968 -
obs--95 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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