+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a4e | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CATALASE A FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE | ||||||
![]() | CATALASE A | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CATALASE / PEROXIDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / catalase / catalase activity / peroxisomal matrix / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / peroxisome / mitochondrial matrix / heme binding ...: / catalase / catalase activity / peroxisomal matrix / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / peroxisome / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mate, M.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of catalase-A from Saccharomyces cerevisiae. 著者: Mate, M.J. / Zamocky, M. / Nykyri, L.M. / Herzog, C. / Alzari, P.M. / Betzel, C. / Koller, F. / Fita, I. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 415.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 337.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7catS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55623.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-AZI / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-HEM / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5 | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年2月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.928 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 123230 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 33.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 25.12 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 5.69 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 94.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 1276062 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 7CAT 解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|