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- PDB-1h7k: Formation of a tyrosyl radical intermediate in Proteus mirabilis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h7k
タイトルFormation of a tyrosyl radical intermediate in Proteus mirabilis catalase by directed mutagenesis and consequences for nucleotide reactivity
要素CATALASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE (H2O2 ACCEPTOR) / PEROXIDASE / IRON / HEM / HYDROGEN PEROXIDE / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site ...Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Catalase
類似検索 - 構成要素
生物種PROTEUS MIRABILIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Andreoletti, P. / Gambarelli, S. / Gaillard, J. / Sainz, G. / Stojanoff, V. / Jouve, H.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Formation of a Tyrosyl Radical Intermediate in Proteus Mirabilis Catalase by Directed Mutagenesis and Consequences for Nucleotide Reactivity.
著者: Andreoletti, P. / Gambarelli, S. / Sainz, G. / Stojanoff, V. / White, C. / Desfonds, G. / Gagnon, J. / Gaillard, J. / Jouve, H.M.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Ferryl Intermediates of Catalase Captured by Time-Resolved Weissenberg Crystallography and Uv-Vis Spectroscopy
著者: Gouet, P. / Jouve, H.M. / Williams, P.A. / Andersson, I. / Andreoletti, P. / Nussaume, L. / Hajdu, J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of Proteus Mirabilis Pr Catalase with and without Bound Nadph
著者: Gouet, P. / Jouve, H.M. / Dideberg, O.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization and Crystal Packing of Proteus Mirabilis Pr Catalase
著者: Jouve, H.M. / Gouet, P. / Boudjada, N. / Buisson, G. / Kahn, R. / Duee, E.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1986
タイトル: The Refined Structure of Beef Liver Catalase at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Fita, I. / Silva, A.M. / Murthy, M.R.N. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2001年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATALASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3834
ポリマ－55,6111
非ポリマー7723
水3,027168
1
A: CATALASE
ヘテロ分子

A: CATALASE
ヘテロ分子

A: CATALASE
ヘテロ分子

A: CATALASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,53116
ポリマ－222,4454
非ポリマー3,08612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area46220 Å2
ΔGint-288.6 kcal/mol
Surface area59150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.000, 110.000, 251.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2022-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CATALASE


分子量: 55611.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: METHIONINE SULFONE IN POSITION 53, TYROSINE 337 LACK THE HYDROXYL HYDROGEN
由来: (組換発現) PROTEUS MIRABILIS (バクテリア) / プラスミド: PALTER-CAT-F215Y / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 DE3 / 参照: UniProt: P42321, catalase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細MODRES: 1H7K OMT A 53() METHIONINE SULFONE (S-DIOXYMETHIONINE) MODRES: 1H7K TYR A 337() OXYGEN OF ...MODRES: 1H7K OMT A 53() METHIONINE SULFONE (S-DIOXYMETHIONINE) MODRES: 1H7K TYR A 337() OXYGEN OF THE PROXIMAL TYROSINE 337 IS DEPROTONATED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: HANGING DROP AT 4 DEG C, pH 7.30
結晶化
*PLUS
温度: 4-5 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jouve, H.M., (1991) J.Mol.Biol., 221, 1075.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
127 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris-HCl1drop
32.5 %(v/v)glycerol1drop
41 Mammonium sulfate1drop
525 mM1dropKCl
62 Mammonium sulfate1reservoir
750 mM1reservoirKCl
8100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9574
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9574 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.26 Å / Num. obs: 35932 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / % possible all: 94.6
反射
*PLUS
冗長度: 15.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.251

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CAE

1cae
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.4→29.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2727867.74 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: AMINO ACIDS 358 - 362 ARE NOT REFINED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1794 5 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 35932 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.7587 Å2 / ksol: 0.306189 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.33 Å21.89 Å20 Å2
2--10.33 Å20 Å2
3----20.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3863 0 52 168 4083
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.36
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.8181.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.1352
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.3252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.6512.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 464 5.1 %
Rwork0.251 8676 -
obs--94.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2HEM.PARAMHEM.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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