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Yorodumi- PDB-4cab: The refined structure of catalase DR1998 from Deinococcus radiodu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cab | ||||||
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Title | The refined structure of catalase DR1998 from Deinococcus radiodurans at 2.6 A resolution | ||||||
Components | CATALASE | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / HEME-CONTAINING CATALASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / heme binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | DEINOCOCCUS RADIODURANS R1 (radioresistant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.599 Å | ||||||
Authors | Borges, P.T. / Miranda, C.S. / Santos, S.P. / Frazao, C. / Romao, C.V. | ||||||
Citation | Journal: FEBS J. / Year: 2014 Title: Structure of the Mono-Functional Heme Catalase Dr1998 from Deinococcus Radiodurans Authors: Borges, P.T. / Frazao, C. / Miranda, C.S. / Carrondo, M.A. / Romao, C.V. | ||||||
History |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4cab.cif.gz | 806 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4cab.ent.gz | 676 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4cab.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4cab_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4cab_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 4cab_validation.xml.gz | 74.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4cab_validation.cif.gz | 100.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/4cab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/4cab | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1dgfS 1gweS 1m7sS 1sy7S 2iufS 2j2mS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 60588.977 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) DEINOCOCCUS RADIODURANS R1 (radioresistant) References: UniProt: Q59337, catalase #2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 4 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.2 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AT 298K, FROM 0.2M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 NA-CACODYLATE PH 6.5 AND 20% PEG 8000. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.82656 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 26, 2012 / Details: TOROIDAL MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.82656 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→49.4 Å / Num. obs: 68047 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Net I/σ(I): 5.34 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.76 Å / Redundancy: 4.57 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: LOOPS TRUNCATE ENSEMBLE OF PDB ENTRIES 2J2M, 1GWE, 2IUF, 1DGF, 1SY7, 1M7S Resolution: 2.599→49.402 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1704.59 / Phase error: 24.02 / Stereochemistry target values: ML Details: CONVERGED TO R-WORK AND R-FREE OF 0.2224 A RESPECTIVELY USING A THIN-SHELLS R-FREE SET WITH 3762 REFLECTIONS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.599→49.402 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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