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万見
- PDB-1a22: HUMAN GROWTH HORMONE BOUND TO SINGLE RECEPTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a22
タイトルHUMAN GROWTH HORMONE BOUND TO SINGLE RECEPTOR
要素
  • GROWTH HORMONE
  • GROWTH HORMONE RECEPTOR
キーワードCOMPLEX (HORMONE/RECEPTOR) / COMPLEX (HORMONE-RECEPTOR) / PITUITARY / HORMONE / COMPLEX (HORMONE-RECEPTOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of response to nutrient levels / growth hormone receptor activity / growth hormone activity / growth hormone receptor complex / prolactin receptor binding / bone maturation / taurine metabolic process / animal organ development / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / positive regulation of multicellular organism growth ...regulation of response to nutrient levels / growth hormone receptor activity / growth hormone activity / growth hormone receptor complex / prolactin receptor binding / bone maturation / taurine metabolic process / animal organ development / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / proline-rich region binding / hormone metabolic process / cell surface receptor signaling pathway via STAT / growth hormone receptor binding / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / growth hormone receptor signaling pathway / response to food / growth factor binding / response to cycloheximide / Prolactin receptor signaling / response to gravity / cytokine binding / positive regulation of MAP kinase activity / peptide hormone binding / regulation of multicellular organism growth / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Growth hormone receptor signaling / cellular response to hormone stimulus / hormone-mediated signaling pathway / SH2 domain binding / response to interleukin-1 / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / response to glucocorticoid / endosome lumen / cytokine activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of cell differentiation / growth factor activity / response to nutrient levels / hormone activity / receptor internalization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / endocytosis / cellular response to insulin stimulus / cytokine-mediated signaling pathway / response to estradiol / protein phosphatase binding / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / external side of plasma membrane / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / lipid binding / protein kinase binding / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Growth hormone-binding protein / Growth hormone receptor binding / Somatotropin / Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding ...Growth hormone-binding protein / Growth hormone receptor binding / Somatotropin / Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Somatotropin / Growth hormone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者De Vos, A.M. / Ultsch, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structural and functional analysis of the 1:1 growth hormone:receptor complex reveals the molecular basis for receptor affinity.
著者: Clackson, T. / Ultsch, M.H. / Wells, J.A. / de Vos, A.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystals of Human Growth Hormone-Receptor Complexes. Extracellular Domains of the Growth Hormone and Prolactin Receptors and a Hormone Mutant Designed to Prevent Receptor Dimerization
著者: Ultsch, M. / De Vos, A.M.
履歴
登録1998年1月15日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月2日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GROWTH HORMONE
B: GROWTH HORMONE RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6622
ポリマ－49,6622
非ポリマー00
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17780 Å2
手法PISA
2
A: GROWTH HORMONE
B: GROWTH HORMONE RECEPTOR

A: GROWTH HORMONE
B: GROWTH HORMONE RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3244
ポリマ－99,3244
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area7630 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area33180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.700, 67.700, 228.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 GROWTH HORMONE


分子量: 22252.135 Da / 分子数: 1 / 変異: G120R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01241
#2: タンパク質 GROWTH HORMONE RECEPTOR


分子量: 27409.771 Da / 分子数: 1 / Fragment: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10912
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ultsch, M., (1993) J.Mol.Biol., 231, 1133.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 %satammonium sulfate1reservoir
2120 mM1dropNaCl
320 mMsodium acetate1drop
41 mMPMSF1drop
50.1 MBis-Tris1drop
610 %satammonium sulfate1drop
71 %(v/v)MPD1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1991年5月1日
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→10 Å / Num. obs: 14489 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.116 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 78
反射
*PLUS
Num. measured all: 51354
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78 % / Num. unique obs: 1552 / Num. measured obs: 3934

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HHR

3hhr


解像度: 2.6→7 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 1 / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL RESTRAINED / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.187 --
obs0.187 13872 85 %
原子変位パラメータBiso mean: 30.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3044 0 0 69 3113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.1
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.8
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.71 Å / Total num. of bins used: 8 /
反射数%反射
Rwork1600 -
obs-78 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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