- PDB-173d: MULTIPLE BINDING MODES OF ANTICANCER DRUG ACTINOMYCIN D: X-RAY, M... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 173d
タイトル
MULTIPLE BINDING MODES OF ANTICANCER DRUG ACTINOMYCIN D: X-RAY, MOLECULAR MODELING, AND SPECTROSCOPIC STUDIES OF D(GAAGCTTC)2-ACTINOMYCIN D COMPLEXES AND ITS HOST DNA
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1994 タイトル: Multiple Binding Modes of Anticancer Drug Actinomycin D: X-Ray, Molecular Modeling, and Spectroscopic Studies of D(Gaagcttc)2-Actinomycin D Complexes and its Host DNA 著者: Kamitori, S. / Takusagawa, F.
履歴
登録
1994年4月18日
登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0
1994年10月15日
Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1
2011年6月14日
Group: Version format compliance
改定 1.2
2011年7月13日
Group: Version format compliance
改定 1.3
2011年7月27日
Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS ...ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
-
実験情報
-
実験
実験
手法: X線回折
-
試料調製
結晶
マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.36 %
結晶化
pH: 7 / 詳細: PH 7.00, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 277.00K
溶液の組成
ID
名称
Crystal-ID
Sol-ID
1
WATER
1
1
2
MPD
1
1
3
MGCL2
1
1
4
NACACODYLATE
1
1
5
SPERMINE_HCL
1
1
6
WATER
1
2
7
MPD
1
2
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID
濃度
一般名
Crystal-ID
化学式
Sol-ID
1
2.0mM
oligonucleotide
1
2
10mM
1
MgCl2
3
20mM
cacodylate
1
4
2.0mM
sperminetetrachloride
1
5
1.5mM
ActinomycinD
1
6
7.5 %(v/v)
MPD
1
1
7
15 %(v/v)
1
-
データ収集
回折
平均測定温度: 123 K
検出器
タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
相対比: 1
反射
最高解像度: 3 Å / Num. obs: 1016
-
解析
ソフトウェア
名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化
解像度: 3→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor
反射数
Rwork
0.202
-
obs
0.202
1016
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
94
322
0
96
512
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d
0.037
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg
5.9
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION
x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION
x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION
x_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.202