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- PDB-108d: THE SOLUTION STRUCTURE OF A DNA COMPLEX WITH THE FLUORESCENT BIS ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 108d
タイトルTHE SOLUTION STRUCTURE OF A DNA COMPLEX WITH THE FLUORESCENT BIS INTERCALATOR TOTO DETERMINED BY NMR SPECTROSCOPY
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / FLUORESCENT BIS INTERCALATOR / TOTO / BIS-THIAZOLE ORANGE
機能・相同性Chem-TOT / DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / MOLECULAR DYNAMICS, MATRIX RELAXATION
データ登録者Spielmann, H.P. / Wemmer, D.E. / Jacobsen, J.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Solution structure of a DNA complex with the fluorescent bis-intercalator TOTO determined by NMR spectroscopy.
著者: Spielmann, H.P. / Wemmer, D.E. / Jacobsen, J.P.
履歴
登録1995年1月31日処理サイト: BNL
改定 1.01995年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_src_syn
Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6503
ポリマ－4,8552
非ポリマー7951
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)40 / -
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')


分子量: 2427.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / キーワード: DEOXYRIBONUCLEIC ACID
#2: 化合物 ChemComp-TOT / 1,1-(4,4,8,8-TETRAMETHYL-4,8-DIAZAUNDECAMETHYLENE)-BIS-4-3-METHYL-2,3-DIHYDRO-(BENZO-1,3-THIAZOLE)-2-METHYLIDENE)-QUINOLINIUM / BIS-THIAZOLE ORANGE / N,N′-(トリメチレン)ビス[ジメチル[3-[4-[(3-メチルベンゾチアゾ-ル-3-イウム)-2-イルメチレン]-(以下略)


分子量: 795.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H58N6S2 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other

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解析

ソフトウェア名称: AMBER / 分類: 精密化
NMR software
名称バージョン分類
MARDIGRAS精密化
Discover2.9.5精密化
精密化手法: MOLECULAR DYNAMICS, MATRIX RELAXATION / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT WAS BASED ON TOTAL RELAXATION MATRIX ANALYSIS OF THE NOESY CROSS PEAK INTENSITIES USING THE PROGRAM MARDIGRAS. IMPROVED PROCEDURES TO CONSIDER THE EXPERIMENTAL "NOISE" IN NOESY ...詳細: REFINEMENT WAS BASED ON TOTAL RELAXATION MATRIX ANALYSIS OF THE NOESY CROSS PEAK INTENSITIES USING THE PROGRAM MARDIGRAS. IMPROVED PROCEDURES TO CONSIDER THE EXPERIMENTAL "NOISE" IN NOESY SPECTRA DURING THESE CALCULATIONS HAVE BEEN EMPLOYED (LIU, H., SPIELMANN, H.P., WEMMER, D.E., & JAMES, T.L. (1995) IN PREPARATION). THE NOE DERIVED DISTANCE RESTRAINTS WERE APPLIED IN RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS CALCULATIONS USING THE PROGRAM DISCOVER VERSION 2.9.5 WITH MODIFIED AMBER FORCE-FIELD POTENTIALS AS IMPLEMENTED IN DISCOVER. THE ROOT-MEAN-SQUARE (RMS) DEVIATION OF THE COORDINATES FOR THE FORTY STRUCTURES OF THE COMPLEX WAS 1.4 ANGSTROMS (INCLUDING THE DISORDERED TERMINAL DNA RESIDUES). THE COMPLEX EXHIBITS TWO-FOLD SPECTROSCOPIC SYMMETRY, BUT NO SYMMETRY WAS IMPOSED DURING THE REFINEMENT. DEVIATIONS FROM IDEAL TWO-FOLD SYMMETRY REFLECT THE UNCERTAINTY IN THE NMR DATA. THE 40 STRUCTURES ARE BASED ON 362 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS FROM NOE MEASUREMENTS, 22 HYDROGEN BOND DISTANCE RESTRAINTS, AND 48 RESTRAINTS TO ENFORCE CHIRALITY IN THE DEOXYRIBOSE RESIDUES. THE FIRST 20 STRUCTURES WERE GENERATED FROM B-FORM DNA STARTING COORDINATES, AND THE SECOND 20 STRUCTURES WERE GENERATED FROM A-FORM DNA STARTING COORDINATES.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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