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万見
- EMDB-9888: Structure of influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9888
タイトルStructure of influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter in class 2
マップデータStructure of influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter in mode 2
試料
  • 複合体: Influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter in mode B conformation
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase 3
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase PB2
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*CP*CP*UP*UP*GP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*U)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*AP*UP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*GP*A)-3')
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription ...cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : ...RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 2 / Polymerase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza D virus (インフルエンザウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Peng Q / Peng R / Qi J / Gao GF / Shi Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB08020100 中国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Structural insight into RNA synthesis by influenza D polymerase.
著者: Qi Peng / Yuqian Liu / Ruchao Peng / Min Wang / Wei Yang / Hao Song / Yuhai Chen / Sheng Liu / Min Han / Xinzheng Zhang / Peiyi Wang / Jinghua Yan / Buchang Zhang / Jianxun Qi / Tao Deng / ...著者: Qi Peng / Yuqian Liu / Ruchao Peng / Min Wang / Wei Yang / Hao Song / Yuhai Chen / Sheng Liu / Min Han / Xinzheng Zhang / Peiyi Wang / Jinghua Yan / Buchang Zhang / Jianxun Qi / Tao Deng / George F Gao / Yi Shi /
要旨: The influenza virus polymerase uses capped RNA primers to initiate transcription, and a combination of terminal and internal de novo initiations for the two-step replication process by binding the ...The influenza virus polymerase uses capped RNA primers to initiate transcription, and a combination of terminal and internal de novo initiations for the two-step replication process by binding the conserved viral genomic RNA (vRNA) or complementary RNA (cRNA) promoter. Here, we determined the apo and promoter-bound influenza D polymerase structures using cryo-electron microscopy and found the polymerase has an evolutionarily conserved stable core structure with inherently flexible peripheral domains. Strikingly, two conformations (mode A and B) of the vRNA promoter were observed where the 3'-vRNA end can bind at two different sites, whereas the cRNA promoter only binds in the mode B conformation. Functional studies confirmed the critical role of the mode B conformation for vRNA synthesis via the intermediate cRNA but not for cRNA production, which is mainly regulated by the mode A conformation. Both conformations participate in the regulation of the transcription process. This work advances our understanding of the regulatory mechanisms for the synthesis of different RNA species by influenza virus polymerase and opens new opportunities for antiviral drug design.
履歴
登録2019年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月12日-
マップ公開2019年6月12日-
更新2020年2月12日-
現状2020年2月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6kuv
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9888.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9888.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter in mode 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 180 pix.
= 244.8 Å		1.36 Å/pix.
x 180 pix.
= 244.8 Å		1.36 Å/pix.
x 180 pix.
= 244.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.20405659 - 0.3175243
平均 (標準偏差)0.00047975394 (±0.009563652)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 244.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z244.800244.800244.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.2040.3180.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter in mode B con...

全体名称: Influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter in mode B conformation
要素
  • 複合体: Influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter in mode B conformation
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase 3
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase PB2
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*CP*CP*UP*UP*GP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*U)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*AP*UP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*GP*A)-3')

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超分子 #1: Influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter in mode B con...

超分子名称: Influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter in mode B conformation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: Hive Five
分子量実験値: 270 KDa

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分子 #1: Polymerase 3

分子名称: Polymerase 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 83.036086 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSSVIREIAK RFLEQATINI AEEVVREYGD HERTMISVGV HFQACCLISD EYTLEDETTP RYVLLEGLKR QEAISKQNNI CSTLGLEPL RNLADIFDRK TRRFLEVGIT KRESDEYYQE KFNKIGNDMD IHVFTYEGKY FSNNPNGLED IQKTRIFTFL S FVSDELRK ...文字列:
MSSVIREIAK RFLEQATINI AEEVVREYGD HERTMISVGV HFQACCLISD EYTLEDETTP RYVLLEGLKR QEAISKQNNI CSTLGLEPL RNLADIFDRK TRRFLEVGIT KRESDEYYQE KFNKIGNDMD IHVFTYEGKY FSNNPNGLED IQKTRIFTFL S FVSDELRK ENMFTEMYVT EEGAPELEMY KSKLFIAMRD ESVPLPYINY EHLRTRCETF KRNQAECEAK VADVASRLKI KL EHLEENK LRPLEIPKEK EAPYTHKFLM KDAWFFAKPH DSERAQPQQI LYDFFEAANM GFMTTSPKPI FGKQGLMYHS LWG QTKRAI KDKRNELEPS EQRDFLCGIG RASKKIQEDK WQESREEEFK QEETKGAAKR GFPTWFNEEW LWAMRDSGDG DNKI GDWIP MAEMPPCKNE MEDYAKKMCE ELESKIQGTN CAREMSKLIH TIGSLHTECR NFPGKVKIVP IYCRGTLRGE STDCL FGIA IKGKSHLNKD DGMYTVVTFE FSTEEPNPSK HEKYTVFEAG TVPVEAVVLT PKRERVLKEK KLFLYCRTTG MSKLKN DWF SKCRRCLIPT METVEQIVLK ECALKEENRV SEMLENKRAW IAHENGENLT RLVSTKLKDL CRMLIVTQFY YCIYNDN QL EGFCNEQKKF LMFLQADKDS KSAFTFNQKG LYEKIEECIV SNPLCIFLAD RLNKLFLVAK SNGAKYFE

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分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

分子名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 86.138844 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEINPYLLML NNDITSMISL TYPYTGAPPM SHGTSTKYSM ETVSRTYSYS RTKKEVPSGI FPIERRKFCN TIEDKENLEK PNGNVDINF MLSLAEMLEE KMGKGFFKFC ANEAEAEILK MHFSKLTEGR QTYDWTSERN MPAATALQLT VDAIQETQGT F KGTTMVEY ...文字列:
MEINPYLLML NNDITSMISL TYPYTGAPPM SHGTSTKYSM ETVSRTYSYS RTKKEVPSGI FPIERRKFCN TIEDKENLEK PNGNVDINF MLSLAEMLEE KMGKGFFKFC ANEAEAEILK MHFSKLTEGR QTYDWTSERN MPAATALQLT VDAIQETQGT F KGTTMVEY CNKILEMMDW PEVKFKKVRM IVQRHWDPKT KKEIKMKSPT LMITKIGREE FIKRICTINT MAKDGERGKY KR RAIATPG MGIRPFSKIV ETLAQKICER LAESGLPVGG NEKKAKLKTT VSSTNSKLQE GQFMVNITGD NSKWNECQQP EAY LAMLAY ITKDSSNLMK DLCSVAPTLF CNKYVKMGQG FRAKNKRKTK EIVIPAKKMK ERKELMNAEW RDLFETIEPY MDGE CCFLG GGMLMGMFNM LSTVFGVMTL NYREEALARR NCYWTGLQSS DDFVLFCISR TWPEMEMTIL KFIAVCKLMG INMSL EKSY GCLPELFEFT SMFFSGDFVS NIALELPAFT TAGMNEGTDF TAAMSVIRTN MINNGLSPGT ALMALRICLQ EFRATY RVH PYDSGVKNHR MKIIRKFIET IENKDGLLIS DGGKLMNNIS SLHIPEEILK EDLMDPSYRN RVFNPRNPFT QFEKTVD IF KASGPIRVEE NEAVVSTHSF RTRSNRTLLN TDMRAMALEE KRYQVVCNMY RSVFESADVN TPIGSMSMGE AIEAKILD R ARTQFENGII GGEEYSEIKR LIEDAKRQRL SV

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分子 #3: Polymerase PB2

分子名称: Polymerase PB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 88.480484 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSLLLTLAKE YANLTKDKKS CKLLSQGTVS SYTTFKKWTT SRKEKNPSLR MRWAMGSKFP IMANREILEE AGIPEQWEGI DLWSKKDDV SKLGMVLASP AAITYWNFCG PGVDNSSVIK DVYKAKFMKK ERWRETLWGP MNFELVGKQR RVVETQPVEI K LNQKEIKE ...文字列:
MSLLLTLAKE YANLTKDKKS CKLLSQGTVS SYTTFKKWTT SRKEKNPSLR MRWAMGSKFP IMANREILEE AGIPEQWEGI DLWSKKDDV SKLGMVLASP AAITYWNFCG PGVDNSSVIK DVYKAKFMKK ERWRETLWGP MNFELVGKQR RVVETQPVEI K LNQKEIKE LTMWVLFEDE ANLASKFIQE NFSLVLSLRE LYKGKAVNKD VAAFMIAHQF SPEKRFLPTF GPIRPERMEL LH CLGGDFW KIEAVTAGSL NEEQKKRDVR AVARKICLRA SVDLFTPAEK IRDYIASVTM RFGTVERTFE DVIRNSDDIS AEV TLCKAA LGCELGKSMS FGNLNLRKVS GEAETMEKTV YWGLKPIKYK CWRGEETFYC ELRKVTCMFR RSEGLDWANI GPGS PEERR ELLAMVMIFC RDGRFFESAP VNIDESFFRT RLNKEIPYQY VLLKWVRQSR DNLDALLSTR GLIPAHIGQF GKGMG IDGS SSSSMVYKGV MLSKTPIDIV ESKEKHRLFL NDNIEAVTER GAMVASIMDL SEDNRETFND VTFNHVDLAV LKDEKT AII KIYRSLVERI NTDDDGLPAL IMGKRYLELY QLDEVKDAVG LIPKRMLGAY SYQARQLIQS QIKNDSYSLP EIIKLLP FC YSPPKKMLFD GTFHFKNQMY VRPGINTNLF SFSKTDKSKI YVNGSAVKIK LVLGDDEMDT SLAFVEGFQV CEYDPRAP L IPRRDLRLIG FGKKVRVFVG QGQEKTLVRT SSKRAASHDV SKNIRRMRLE V

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分子 #4: RNA (5'-R(P*UP*CP*CP*UP*UP*GP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*CP*CP*UP*UP*GP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 4.337563 KDa
配列文字列:
UCCUUGCUAC UGCU

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分子 #5: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*AP*UP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*GP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*AP*UP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*GP*A)-3')
タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 4.902042 KDa
配列文字列:
AGCAUAAGCA GGAGA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ab7
PDB 未公開エントリ


詳細: Influenza D virus plolymerase
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 54216
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6kuv:
Structure of influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter in class 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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