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- PDB-6lhx: Crystal structure of ThsA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lhx
タイトルCrystal structure of ThsA
要素ThsA
キーワードHYDROLASE / NAD+ hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ glycohydrolase / defense response to virus / hydrolase activity / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NAD(+) hydrolase ThsA, Sir2/TIR-associating SLOG domain / Sir2- and TIR-associating SLOG family / SIR2-like domain / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(+) hydrolase ThsA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus MSX-D12 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Bae, E. / Ka, D. / Oh, H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C1086298 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2020
タイトル: Structural and functional evidence of bacterial antiphage protection by Thoeris defense system via NAD+degradation.
著者: Ka, D. / Oh, H. / Park, E. / Kim, J.H. / Bae, E.
履歴
登録2019年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ThsA
B: ThsA
C: ThsA
D: ThsA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,2784
ポリマ-222,2784
非ポリマー00
64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)180.424, 168.584, 93.614
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.710, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ASNASNchain AAA2 - 4762 - 476
2ASNASNchain BBB2 - 4762 - 476
3SERSERchain CCC2 - 4752 - 475
4SERSERchain DDD2 - 4752 - 475

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要素

#1: タンパク質
ThsA


分子量: 55569.570 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs.
由来: (組換発現) Bacillus cereus MSX-D12 (バクテリア)
遺伝子: II9_05448 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J8G6Z1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22% PPG400, 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 181015 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 63.54 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 10.54
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 1.666 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 9063 / CC1/2: 0.543 / Rpim(I) all: 0.665 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIXモデル構築
BUCCANEERモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.501→31.641 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2727 3958 2.19 %
Rwork0.2417 177057 -
obs0.2424 181015 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 329.3 Å2 / Biso mean: 82.1693 Å2 / Biso min: 32.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.501→31.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13296 0 0 36 13332
Biso mean---55.14 -
残基数----1726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8118340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0322093
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042364
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1634762
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A7397X-RAY DIFFRACTION9.89TORSIONAL
12B7397X-RAY DIFFRACTION9.89TORSIONAL
13C7397X-RAY DIFFRACTION9.89TORSIONAL
14D7397X-RAY DIFFRACTION9.89TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5012-2.53170.3491370.341604994
2.5317-2.56380.39541370.3369621198
2.5638-2.59750.38351420.3313627098
2.5975-2.6330.3741400.3347627099
2.633-2.67060.39551400.3337626299
2.6706-2.71050.35591390.3344630599
2.7105-2.75280.38041430.3227638499
2.7528-2.79790.37191380.3212626399
2.7979-2.84610.36431390.3158628399
2.8461-2.89790.31791400.2986628599
2.8979-2.95360.32471460.297637899
2.9536-3.01380.34171420.2971636999
3.0138-3.07930.36651380.293626199
3.0793-3.15080.32021460.2798638299
3.1508-3.22960.30411400.28066352100
3.2296-3.31680.32861400.27236343100
3.3168-3.41430.30331400.24896322100
3.4143-3.52440.28021430.24626385100
3.5244-3.65010.29351450.23236346100
3.6501-3.79610.24161400.23266337100
3.7961-3.96850.21361440.22336426100
3.9685-4.17730.27381410.21166344100
4.1773-4.43840.24891430.20686402100
4.4384-4.780.19111420.19186359100
4.78-5.2590.23361440.20236358100
5.259-6.01550.27541430.23346398100
6.0155-7.56180.31281430.24636359100
7.5618-31.6410.19231430.2067635499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.43121.12421.54813.95721.22671.9229-0.16740.41120.1353-0.32720.0251-0.0068-0.0533-0.10820.18810.46510.01380.13080.57110.04440.3902-24.718523.4043-9.747
22.95060.0357-1.19781.41980.41023.2418-0.34690.5389-0.2785-0.01890.01540.140.6905-0.51140.29850.6453-0.14050.10820.4967-0.0610.417-33.73429.176-6.5766
33.90190.26351.51475.81911.58426.7264-0.31190.9457-0.1022-0.7686-0.10210.35210.3807-0.5980.41480.6385-0.15630.17970.8792-0.07810.5212-58.535712.01815.6255
44.20311.97592.0266.73741.00673.61150.092-0.5647-0.75210.3516-0.0894-0.24080.8041-0.1563-0.0330.6041-0.04130.20950.59160.14940.5255-17.39653.194817.638
55.55090.00811.18320.71170.0050.0825-0.0588-0.4684-0.07370.04850.0553-0.082-0.04470.10680.05030.55310.01070.15110.63080.08170.409-6.57912.30420.4203
63.0281-2.4509-0.12951.9690.11720.07740.0327-1.07551.41761.03130.11910.4662-0.5616-0.38360.07010.72510.00890.16580.9481-0.37210.9093-49.249731.202231.9122
74.28680.34280.41963.07640.06534.33820.0397-1.11050.28370.3701-0.1336-0.07060.38860.27630.14250.6477-0.040.2251.069-0.14220.4953-42.440920.228633.1403
82.1831-0.51550.55992.8813-0.64542.2099-0.0954-0.50490.16020.34730.10450.1564-0.0832-0.2135-0.04030.46670.03620.16220.4883-0.02320.4383-22.327846.60759.1666
92.4047-0.05840.81861.02950.59722.6881-0.3305-1.05810.18020.140.08960.2108-0.5193-0.95750.1450.69310.22950.20670.7381-0.15140.7607-40.364560.02189.1455
106.23410.0978-0.54453.43590.41286.5183-0.1012-0.4951-0.73960.3452-0.25480.6221-0.1856-0.98470.38190.62260.16560.10160.7452-0.13410.8401-57.583556.4872-9.0575
115.5722-0.8343-0.86882.29060.33343.56230.02450.80381.1049-0.5087-0.05790.0912-0.83490.06870.07970.56190.01310.01530.4160.23280.6074-15.521563.2245-17.0253
126.1134-0.4429-0.54991.08880.66141.7341-0.04741.09730.3007-0.3669-0.1278-0.1235-0.3470.47330.05750.65920.03590.08710.660.15350.5238-5.869654.0664-23.4411
135.175-0.1779-2.57824.15441.09245.9963-0.04481.5558-0.9971-0.6067-0.37090.1961-0.0035-0.70170.37710.69130.16390.03271.0305-0.35270.8231-42.486348.1688-35.1842
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 164 )A2 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 165 through 340 )A165 - 340
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 341 through 476 )A341 - 476
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 176 )B2 - 176
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 177 through 288 )B177 - 288
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 289 through 315 )B289 - 315
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 316 through 476 )B316 - 476
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 2 through 220 )C2 - 220
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 221 through 315 )C221 - 315
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 316 through 475 )C316 - 475
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 2 through 202 )D2 - 202
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 203 through 290 )D203 - 290
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 291 through 475 )D291 - 475

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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